181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1289 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  100 
 
 		 336 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  46.98 
 
 		 325 aa  269  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  49.85 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  45.4 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  46.7 
 
 		 340 aa  242  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  38.24 
 
 		 374 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  43.4 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  37.67 
 
 		 376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  37.47 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  37.43 
 
 		 380 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  40 
 
 		 356 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  40.6 
 
 		 364 aa  226  6e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  38.51 
 
 		 361 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  38.51 
 
 		 361 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  40.48 
 
 		 356 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  41.76 
 
 		 361 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  33.24 
 
 		 393 aa  169  9e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  32.32 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  32.22 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  31.23 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  32.27 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  29.87 
 
 		 296 aa  149  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  33.65 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  29.77 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  29.48 
 
 		 336 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  29.77 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  29.48 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  30.35 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  30.77 
 
 		 336 aa  136  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  29.71 
 
 		 334 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  29.02 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  27.3 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  27.3 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  27.3 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  29.5 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  28.11 
 
 		 368 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  30.56 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  27.69 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  28.44 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  28.53 
 
 		 347 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 		 329 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 351 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  28.3 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  26.43 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 325 aa  95.9  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  26.54 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  27.86 
 
 		 291 aa  92  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  25.45 
 
 		 340 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  24.52 
 
 		 342 aa  89.7  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  28.16 
 
 		 380 aa  87  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  23.2 
 
 		 331 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  27.1 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  25.48 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  46.05 
 
 		 363 aa  80.5  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  25.98 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  25.39 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  25.39 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  25.38 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  24.32 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  28.51 
 
 		 448 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  24.62 
 
 		 360 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  29.19 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  30.63 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  30.63 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  45.59 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  38.75 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  40.26 
 
 		 348 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  23.51 
 
 		 286 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  23.51 
 
 		 286 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  33.59 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  36.47 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  21.88 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  29.45 
 
 		 289 aa  58.9  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  25.24 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  25.36 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  23.57 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  40.51 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  40.51 
 
 		 360 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 249 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  20.06 
 
 		 248 aa  55.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  40.51 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  40.51 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  40.51 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  40.51 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  40.51 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 338 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>