155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0895 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  84.3 
 
 		 340 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  84.01 
 
 		 335 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  79.65 
 
 		 343 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  60.06 
 
 		 331 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  61.63 
 
 		 334 aa  361  9e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  56.51 
 
 		 347 aa  338  7e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  53.41 
 
 		 348 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  53.28 
 
 		 342 aa  312  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  55.36 
 
 		 329 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  68.5 
 
 		 352 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  30.79 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  31.75 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  31.69 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  28.41 
 
 		 393 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  28.15 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  32.27 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  32.46 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  27.86 
 
 		 356 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  32.29 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  28.27 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  30.06 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.09 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  27.84 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  27.84 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  30.31 
 
 		 337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  29.29 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  25 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  30.31 
 
 		 337 aa  116  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  30.31 
 
 		 337 aa  116  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  30.03 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  31.82 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  30.99 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  27.91 
 
 		 323 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  25.07 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  25.97 
 
 		 341 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.03 
 
 		 345 aa  109  7.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  24.1 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  25.73 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  23.7 
 
 		 375 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  26.81 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  29.09 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  28.82 
 
 		 361 aa  102  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  28.15 
 
 		 332 aa  102  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  28.61 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  26.23 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  26.3 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  29.2 
 
 		 340 aa  97.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  26.2 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  25.9 
 
 		 374 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  26.37 
 
 		 363 aa  96.7  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  23.95 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  25.07 
 
 		 321 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  23.58 
 
 		 364 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  24.85 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 		 362 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  26.2 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  27.7 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  24.65 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  24.07 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  34.42 
 
 		 448 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  26.17 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  26.62 
 
 		 210 aa  67.4  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  26.62 
 
 		 263 aa  66.6  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  25.61 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  25.61 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  23.22 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  21.74 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  31.15 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  42.25 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  26.71 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  31.58 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  32.08 
 
 		 367 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  28.19 
 
 		 189 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  27.59 
 
 		 189 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  41.43 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  31.71 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  32.91 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  43.48 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3481  hypothetical protein  23.3 
 
 		 309 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3746  hypothetical protein  24.17 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 342 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  37.68 
 
 		 246 aa  55.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  37.8 
 
 		 404 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  32.14 
 
 		 375 aa  55.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  29.17 
 
 		 436 aa  54.7  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  25.83 
 
 		 333 aa  53.9  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  23.62 
 
 		 270 aa  53.9  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 249 aa  53.5  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>