196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3313 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  100 
 
 		 374 aa  757    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  79.06 
 
 		 380 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  78.91 
 
 		 376 aa  589  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  78.68 
 
 		 375 aa  585  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  62.57 
 
 		 356 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  62.3 
 
 		 356 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  62.3 
 
 		 361 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  62.3 
 
 		 361 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  64.53 
 
 		 361 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  41.85 
 
 		 325 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  41.89 
 
 		 340 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  41.67 
 
 		 321 aa  237  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  38.24 
 
 		 310 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  38.24 
 
 		 336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  36.22 
 
 		 364 aa  212  7e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  36.07 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  27.78 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  28.37 
 
 		 393 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.47 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  26.3 
 
 		 350 aa  129  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  28.8 
 
 		 334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  27.67 
 
 		 330 aa  126  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  26.15 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.1 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.8 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  28.53 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  26.76 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.8 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  28.26 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  27.57 
 
 		 336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  26.61 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  26.33 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  26.33 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  26.33 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  26.33 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  26.33 
 
 		 337 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  26.33 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  26.33 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  27.47 
 
 		 327 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  25.21 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  33.33 
 
 		 321 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.71 
 
 		 341 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.4 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  25.32 
 
 		 360 aa  86.3  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  35.38 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  24.19 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  26.42 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  31.93 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  29.63 
 
 		 448 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  33.33 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  29.84 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  29.84 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  40.32 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 130 aa  62  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  22.25 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  35.56 
 
 		 332 aa  62  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  28.57 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1623  hypothetical protein  39.68 
 
 		 378 aa  60.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0072792  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  33.8 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  36.62 
 
 		 565 aa  60.1  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  30.83 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  27.92 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  30.83 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  27.06 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  28.99 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  34.34 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  34.15 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  39.06 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  40.32 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  36.51 
 
 		 243 aa  58.9  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  27.06 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.44 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  31.75 
 
 		 248 aa  57  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  39.39 
 
 		 311 aa  57  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 		 281 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 334 aa  57  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  28.68 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  46.03 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 342 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  32.93 
 
 		 360 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  39.02 
 
 		 322 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 314 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 307 aa  55.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.83924 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>