109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0403 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  100 
 
 		 318 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  26.71 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  26.33 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.1 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  25.8 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  27.47 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  27.16 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  25.56 
 
 		 323 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 345 aa  99.4  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  26.27 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  26.11 
 
 		 336 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  25.47 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  24.27 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  26.1 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  26.82 
 
 		 340 aa  93.2  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  24.27 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  25.15 
 
 		 393 aa  92  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  25.62 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  24.84 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  27.3 
 
 		 325 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  24.18 
 
 		 368 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  24.84 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  26.97 
 
 		 334 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  22.73 
 
 		 363 aa  90.1  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  24.27 
 
 		 334 aa  89.4  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  23.54 
 
 		 380 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  23.84 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  24.4 
 
 		 375 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  24.13 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  24.07 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  24.07 
 
 		 361 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  25.3 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  22.19 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  23.84 
 
 		 361 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  25.24 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  25.93 
 
 		 336 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  22.85 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  22.87 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  23.58 
 
 		 340 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  23.25 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  22.02 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  21.9 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  21.9 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 351 aa  63.5  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  21.35 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  23.08 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  24.43 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  22.22 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  26.18 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  37.33 
 
 		 364 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  21.9 
 
 		 360 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  33.33 
 
 		 340 aa  53.1  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  24.02 
 
 		 342 aa  51.2  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.08 
 
 		 341 aa  50.1  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  35 
 
 		 293 aa  49.7  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  44.26 
 
 		 348 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 319 aa  49.3  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2178  helix-turn-helix domain protein  21.77 
 
 		 302 aa  49.3  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  21.57 
 
 		 331 aa  48.5  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  20.96 
 
 		 300 aa  48.5  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 325 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 351 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  22.62 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 334 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  29.41 
 
 		 210 aa  47.8  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  28.29 
 
 		 281 aa  47  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  26.34 
 
 		 263 aa  47  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 342 aa  46.6  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0861  hypothetical protein  25.47 
 
 		 405 aa  46.6  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0100768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 339 aa  45.8  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1666  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 276 aa  46.2  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  33.75 
 
 		 448 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  30.39 
 
 		 246 aa  45.8  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 339 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  23.38 
 
 		 566 aa  45.4  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  31.94 
 
 		 406 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  35.71 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07520  hypothetical protein  33.78 
 
 		 382 aa  45.8  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00214299  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  25 
 
 		 189 aa  44.7  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  33.77 
 
 		 273 aa  44.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 285 aa  44.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  32.84 
 
 		 375 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2186  hypothetical protein  30.88 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  25 
 
 		 189 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  21.09 
 
 		 314 aa  44.3  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1629  hypothetical protein  29.41 
 
 		 404 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 344 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 335 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1862  hypothetical protein  29.41 
 
 		 399 aa  43.5  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  29.73 
 
 		 436 aa  43.5  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 340 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>