164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3060 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  582  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  33.55 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  31.54 
 
 		 312 aa  63.9  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  38.37 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  41.54 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  43.48 
 
 		 311 aa  62.4  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  47.06 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  35.59 
 
 		 566 aa  61.2  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  38.53 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  45.9 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  43.75 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  31.46 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  43.75 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  35 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  36.84 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  37.21 
 
 		 510 aa  56.6  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  29.1 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 360 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 329 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  40 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  44.12 
 
 		 331 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 352 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  33.64 
 
 		 360 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  33.64 
 
 		 387 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  33.64 
 
 		 387 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  33.64 
 
 		 387 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4506  hypothetical protein  39.45 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0632978  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  30.16 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  33.64 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  34.38 
 
 		 311 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.44 
 
 		 338 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  33.64 
 
 		 360 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  31.87 
 
 		 448 aa  54.7  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 339 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 339 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3481  hypothetical protein  27.27 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  44.07 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0223  response regulator receiver protein  40.3 
 
 		 315 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1384  Xre-like DNA-binding protein  44.26 
 
 		 324 aa  53.9  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  33.64 
 
 		 336 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  33.64 
 
 		 336 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 342 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 260 aa  53.5  0.000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 351 aa  53.5  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 338 aa  53.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 334 aa  53.5  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  39.06 
 
 		 304 aa  53.1  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  40 
 
 		 314 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  25.81 
 
 		 258 aa  52.8  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  33.06 
 
 		 273 aa  52.4  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 281 aa  52.4  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0349  hypothetical protein  27.74 
 
 		 398 aa  52  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00827642  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 328 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  28.81 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  38.33 
 
 		 245 aa  52  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  30.43 
 
 		 340 aa  52  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  30.84 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  32.46 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 345 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07520  hypothetical protein  42.62 
 
 		 382 aa  51.6  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00214299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  41.18 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  33.33 
 
 		 372 aa  51.2  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3643  heat shock protein DnaJ domain protein  44.44 
 
 		 511 aa  51.2  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129594  normal  0.0124484 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  42.03 
 
 		 300 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  25.11 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  40.32 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1666  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  40.32 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  38.46 
 
 		 324 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 326 aa  50.8  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  35 
 
 		 318 aa  50.1  0.00004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 		 314 aa  50.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 289 aa  50.1  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  36.76 
 
 		 288 aa  50.1  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4013  hypothetical protein  38.57 
 
 		 368 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  36.76 
 
 		 288 aa  50.1  0.00004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4051  hypothetical protein  38.57 
 
 		 368 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  35.16 
 
 		 291 aa  50.1  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  37.14 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  37.14 
 
 		 286 aa  50.1  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 267 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  29.31 
 
 		 361 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 370 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  29.31 
 
 		 356 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 277 aa  49.7  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 265 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  29.31 
 
 		 356 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  29.31 
 
 		 361 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 369 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 342 aa  49.3  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>