189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1932 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  100 
 
 
251 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 
241 aa  149  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  38.15 
 
 
246 aa  142  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
281 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  36.82 
 
 
249 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  34.8 
 
 
267 aa  124  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  31.09 
 
 
258 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 
319 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  30.47 
 
 
248 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  28.68 
 
 
245 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4433  hypothetical protein  30.29 
 
 
256 aa  102  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  26.85 
 
 
289 aa  95.5  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1500  hypothetical protein  27.37 
 
 
273 aa  91.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.342716  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  27.63 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1465  transcriptional regulator, XRE family  27.31 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  28.47 
 
 
284 aa  89.7  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0395  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 
287 aa  89  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1821  hypothetical protein  30.09 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  26.19 
 
 
312 aa  87.8  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  27.03 
 
 
279 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  26.38 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  27 
 
 
312 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  38.1 
 
 
340 aa  80.5  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  26.14 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 
273 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2172  hypothetical protein  26.98 
 
 
256 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  24.81 
 
 
243 aa  77  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  27.2 
 
 
285 aa  77  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0794  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.56 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.898651  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3604  transcriptional regulator, putative  27.27 
 
 
278 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  45.71 
 
 
304 aa  75.9  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1294  hypothetical protein  28.12 
 
 
295 aa  75.9  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.0000310204  normal  0.331391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  50.72 
 
 
271 aa  75.5  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3746  hypothetical protein  25.45 
 
 
293 aa  75.1  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428917  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4317  hypothetical protein  24.9 
 
 
256 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1185  hypothetical protein  23.77 
 
 
267 aa  73.9  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  25 
 
 
303 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  25 
 
 
303 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  24.73 
 
 
303 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0866  hypothetical protein  41.43 
 
 
441 aa  72.8  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.753935  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0434  transcriptional regulator, putative  26.74 
 
 
289 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0121378  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  25.36 
 
 
303 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  24.74 
 
 
345 aa  72.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  25.09 
 
 
303 aa  72  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  25.09 
 
 
303 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  24.05 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  23.79 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3660  hypothetical protein  24.46 
 
 
288 aa  69.7  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.306594  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3830  hypothetical protein  43.48 
 
 
308 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000092193  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3553  hypothetical protein  43.48 
 
 
308 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0332417  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1666  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 
276 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3817  hypothetical protein  43.48 
 
 
303 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1418  hypothetical protein  42.03 
 
 
304 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000154024  normal  0.202386 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  23.64 
 
 
293 aa  66.2  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4051  hypothetical protein  36.11 
 
 
368 aa  65.5  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  26.27 
 
 
565 aa  65.9  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4013  hypothetical protein  37.14 
 
 
368 aa  65.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2434  hypothetical protein  42.03 
 
 
308 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0163428  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1384  Xre-like DNA-binding protein  39.71 
 
 
324 aa  65.5  0.0000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  23.72 
 
 
297 aa  65.1  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  22.35 
 
 
260 aa  63.9  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0582  Xre-like DNA-binding protein  39.71 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0704393  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  32.23 
 
 
372 aa  63.2  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  28.95 
 
 
189 aa  62.4  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  41.43 
 
 
280 aa  62  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  29.51 
 
 
311 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 
328 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  32.52 
 
 
404 aa  61.6  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  28.95 
 
 
189 aa  60.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  36.49 
 
 
307 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  21.65 
 
 
252 aa  60.1  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  29.69 
 
 
436 aa  59.7  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4218  hypothetical protein  43.55 
 
 
407 aa  59.3  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  29.85 
 
 
510 aa  58.9  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  22.8 
 
 
289 aa  58.2  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  38.57 
 
 
374 aa  58.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3162  response regulator receiver protein  36.99 
 
 
450 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.830407  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  30.94 
 
 
448 aa  57.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  23.58 
 
 
281 aa  57.4  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  23.02 
 
 
286 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  23.02 
 
 
286 aa  57  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  31.46 
 
 
293 aa  57  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 
314 aa  56.6  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0349  hypothetical protein  29.75 
 
 
398 aa  56.2  0.0000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00827642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  26.45 
 
 
352 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2234  transcriptional regulator, XRE family  22.38 
 
 
301 aa  56.2  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  26.43 
 
 
298 aa  56.2  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  33.33 
 
 
348 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  33.33 
 
 
334 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2609  hypothetical protein  34.29 
 
 
350 aa  55.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.918315 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  33.33 
 
 
347 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
345 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  29.03 
 
 
566 aa  54.7  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 
329 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0277  hypothetical protein  36.62 
 
 
151 aa  54.3  0.000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0918994  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  35.82 
 
 
448 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 
342 aa  53.9  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  30.3 
 
 
300 aa  53.9  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>