159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1214 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  100 
 
 		 367 aa  708    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  66.58 
 
 		 360 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  66.76 
 
 		 360 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.82 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  31.86 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  29.05 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  28.53 
 
 		 375 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  28.93 
 
 		 380 aa  97.1  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 322 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  25.69 
 
 		 374 aa  92  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  26.82 
 
 		 356 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  27.78 
 
 		 345 aa  90.1  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  25.51 
 
 		 356 aa  88.6  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  24.64 
 
 		 350 aa  88.6  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  26.19 
 
 		 323 aa  87.8  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  27.62 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  27.78 
 
 		 327 aa  86.7  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  27.47 
 
 		 336 aa  86.3  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  28.16 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  27.27 
 
 		 340 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  27.65 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  30.24 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  28.83 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  26.74 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  27.08 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  26.35 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  26.35 
 
 		 361 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  26.44 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  26.44 
 
 		 336 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  28.53 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  26.18 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  26.88 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  27.51 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  25.99 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  26.23 
 
 		 364 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  24.93 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  27.17 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  27.75 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  27.75 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  27.75 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  27.75 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  27.75 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  27.75 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  27.16 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  27.6 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  27.47 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  25.94 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 351 aa  76.6  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  25.89 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  25.15 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  26.29 
 
 		 340 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  26.38 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.44 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  25.79 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  24.43 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  46.84 
 
 		 362 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  23.99 
 
 		 340 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  42.5 
 
 		 362 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  42.5 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  42.5 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  42.5 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  42.5 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  42.5 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  42.5 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1169  hypothetical protein  28 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  40 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1089  hypothetical protein  27.69 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  26.3 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  26.3 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  41.77 
 
 		 325 aa  63.2  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 260 aa  62  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  35.71 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05131  hypothetical protein  35.56 
 
 		 165 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.607741  normal  0.357471 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1790  hypothetical protein  34.44 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  23.95 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  38.46 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 345 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4218  hypothetical protein  33.33 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  34.4 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  43.55 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  38.81 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  28.06 
 
 		 566 aa  56.6  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  36.84 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  44.62 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 352 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 345 aa  55.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1423  hypothetical protein  41.67 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.41572  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>