202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1255 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  100 
 
 		 364 aa  734    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  44.54 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  42.33 
 
 		 356 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  42.82 
 
 		 356 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  39.22 
 
 		 376 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  39.01 
 
 		 375 aa  246  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  40.56 
 
 		 361 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  40.56 
 
 		 361 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  39.84 
 
 		 380 aa  245  8e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  40.63 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  41.93 
 
 		 361 aa  242  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  36.46 
 
 		 374 aa  236  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  40.6 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  38.96 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  42.63 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  39.84 
 
 		 310 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  32.29 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  31.28 
 
 		 393 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  30.86 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  32.41 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  30.56 
 
 		 345 aa  144  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  28.15 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  29.51 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.6 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  27.93 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  30.34 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  29.58 
 
 		 337 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  29.58 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  29.58 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  27.95 
 
 		 336 aa  129  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  28.69 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.69 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.85 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  29.36 
 
 		 334 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  28.3 
 
 		 327 aa  124  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  27.22 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  28.85 
 
 		 334 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  26.65 
 
 		 331 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 351 aa  99.8  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  28.06 
 
 		 340 aa  93.2  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  27.06 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  24.32 
 
 		 341 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  37.88 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  42.67 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  43.24 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  23.53 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  23.96 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  22.22 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  32.12 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  32.12 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  38.67 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  35 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  41.25 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 352 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  35.14 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  26.62 
 
 		 281 aa  63.5  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  35.14 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  33.94 
 
 		 367 aa  62  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  27.67 
 
 		 189 aa  62.8  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  28.89 
 
 		 189 aa  62.4  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  35.58 
 
 		 360 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  27.16 
 
 		 210 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  25.15 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  27.22 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.97 
 
 		 448 aa  60.8  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  35.83 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  31.5 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  31.5 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  28.12 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  36 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  27.13 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  25.22 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  27.91 
 
 		 357 aa  57.4  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  38.1 
 
 		 300 aa  57  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0866  hypothetical protein  34.85 
 
 		 441 aa  57  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.753935  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  25.22 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  26.89 
 
 		 375 aa  56.2  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.84 
 
 		 338 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  24 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  32.14 
 
 		 246 aa  55.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 249 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  24 
 
 		 288 aa  55.5  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  26.81 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06601  hypothetical protein  29.92 
 
 		 236 aa  54.7  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10680  hypothetical protein  33.77 
 
 		 469 aa  54.3  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0331666  unclonable  0.0000000019821 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07520  hypothetical protein  34.25 
 
 		 382 aa  54.3  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00214299  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>