198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1227 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  100 
 
 		 380 aa  768    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  95.53 
 
 		 376 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  92.63 
 
 		 375 aa  706    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  77.49 
 
 		 374 aa  585  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  60.05 
 
 		 356 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  60.31 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  60.69 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  63.25 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  60.69 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  41.29 
 
 		 325 aa  268  8e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  39.63 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  39.78 
 
 		 321 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  38.68 
 
 		 364 aa  216  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  37.5 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  37.43 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  53.85 
 
 		 310 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  29.73 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  29.65 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  28.72 
 
 		 350 aa  137  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  28.73 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  28.45 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.22 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  26.22 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  29.51 
 
 		 368 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  28.01 
 
 		 334 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  28.21 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 334 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  26.2 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  28.49 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  26.54 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  26.17 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  27.37 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  26.78 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.39 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  33.95 
 
 		 323 aa  97.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 351 aa  89  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  23.54 
 
 		 318 aa  87  5e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  25.38 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  33.61 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  20.99 
 
 		 341 aa  75.9  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  25.07 
 
 		 380 aa  71.2  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  31.09 
 
 		 189 aa  68.2  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  31.09 
 
 		 189 aa  68.2  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  28.89 
 
 		 448 aa  66.2  0.0000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  34.65 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  47.06 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  41.94 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  27.65 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 344 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1623  hypothetical protein  42.86 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0072792  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  42.42 
 
 		 311 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  34.09 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  27.65 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  34.15 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  40.51 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  26.84 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  35 
 
 		 406 aa  60.1  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  30.32 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  27.34 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  27.34 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  30.23 
 
 		 357 aa  59.7  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  28.99 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  27.69 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 285 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  30.32 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  30 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  30 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  24.17 
 
 		 436 aa  58.2  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  29.51 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  29.22 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 196 aa  57  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  36.51 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  36.36 
 
 		 565 aa  56.2  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 130 aa  56.2  0.0000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 249 aa  55.8  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  27.5 
 
 		 333 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  31.9 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  31.9 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  36 
 
 		 281 aa  55.8  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>