93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1821 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  100 
 
 		 406 aa  814    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1629  hypothetical protein  55.61 
 
 		 404 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1862  hypothetical protein  54.17 
 
 		 399 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2983  hypothetical protein  55.03 
 
 		 375 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0861  hypothetical protein  47.34 
 
 		 405 aa  342  9e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0100768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1934  hypothetical protein  45.32 
 
 		 491 aa  322  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1183  hypothetical protein  50.13 
 
 		 409 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.297554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  35 
 
 		 375 aa  60.5  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  35 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  35 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  35.56 
 
 		 436 aa  59.7  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  38.37 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  36.05 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  31.91 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  24.93 
 
 		 374 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  30.77 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 260 aa  55.1  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  31.25 
 
 		 374 aa  54.7  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  34.21 
 
 		 266 aa  54.7  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  33.85 
 
 		 361 aa  53.9  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  39.68 
 
 		 340 aa  53.9  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  31.82 
 
 		 566 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 285 aa  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  32.88 
 
 		 311 aa  50.8  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 279 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  29.58 
 
 		 312 aa  50.4  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  32.14 
 
 		 280 aa  50.1  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  36.67 
 
 		 321 aa  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 334 aa  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  28.89 
 
 		 265 aa  49.7  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  29.89 
 
 		 324 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 338 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 338 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 326 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 241 aa  48.5  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  32.18 
 
 		 300 aa  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 249 aa  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  29.17 
 
 		 364 aa  47.8  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  28.3 
 
 		 273 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 328 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  29.29 
 
 		 284 aa  46.6  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  26.38 
 
 		 285 aa  47  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  31.76 
 
 		 246 aa  46.6  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  30.56 
 
 		 448 aa  46.6  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  34.92 
 
 		 314 aa  46.6  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  25.45 
 
 		 331 aa  46.6  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 319 aa  46.6  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  28.4 
 
 		 404 aa  46.6  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 342 aa  46.6  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 352 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  30.77 
 
 		 361 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  30.77 
 
 		 361 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  30.77 
 
 		 356 aa  46.6  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 196 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  30.77 
 
 		 356 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  27.71 
 
 		 252 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 334 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  30.67 
 
 		 350 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  36.21 
 
 		 293 aa  45.1  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  30.83 
 
 		 387 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  26.76 
 
 		 251 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  30.83 
 
 		 387 aa  45.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  32.26 
 
 		 362 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  31.94 
 
 		 318 aa  45.4  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  25.45 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  30.39 
 
 		 248 aa  45.1  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  30.83 
 
 		 387 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  35.48 
 
 		 291 aa  44.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 339 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 339 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  31.34 
 
 		 321 aa  44.3  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.11 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  32.26 
 
 		 360 aa  44.3  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  31.94 
 
 		 293 aa  44.3  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  32.79 
 
 		 340 aa  44.3  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  28.16 
 
 		 360 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  34.72 
 
 		 245 aa  43.9  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  25.33 
 
 		 298 aa  43.9  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  30 
 
 		 393 aa  43.9  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  23.97 
 
 		 281 aa  43.9  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  31.08 
 
 		 314 aa  43.5  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0277  hypothetical protein  33.85 
 
 		 151 aa  43.5  0.006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0918994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  36 
 
 		 322 aa  43.9  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  29.51 
 
 		 307 aa  43.5  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 351 aa  43.5  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  33.87 
 
 		 271 aa  43.5  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  28.77 
 
 		 307 aa  43.5  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.83924 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1009  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 199 aa  43.1  0.009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  23.56 
 
 		 313 aa  43.1  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  31.45 
 
 		 360 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  29.03 
 
 		 340 aa  43.1  0.01  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 370 aa  43.1  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>