149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1433 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  100 
 
 		 331 aa  661    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  22.38 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  25.32 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  25.07 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  23.55 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  23.55 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  21.36 
 
 		 325 aa  67  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  22.49 
 
 		 258 aa  64.7  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  23.85 
 
 		 350 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 343 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  37.23 
 
 		 341 aa  63.5  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  23.49 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  35.9 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  23.17 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  36.62 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  27.08 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  36.62 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  20.77 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  21.04 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  21.93 
 
 		 375 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  28.95 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  34.52 
 
 		 357 aa  57.8  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.95 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  28.95 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  23 
 
 		 294 aa  57  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  27.62 
 
 		 331 aa  57  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  21.22 
 
 		 300 aa  57  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  31.76 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  27.06 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  31.51 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  23.35 
 
 		 372 aa  55.8  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 336 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3481  hypothetical protein  21.88 
 
 		 309 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  39.51 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  22.3 
 
 		 281 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  23.77 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.04 
 
 		 448 aa  55.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  22 
 
 		 265 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  34.72 
 
 		 336 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  33.33 
 
 		 337 aa  55.1  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  22.4 
 
 		 252 aa  54.3  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  33.71 
 
 		 289 aa  53.9  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  21.35 
 
 		 376 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  25.23 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  22.74 
 
 		 380 aa  52.8  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  28.38 
 
 		 340 aa  52.8  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  32.86 
 
 		 271 aa  52.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  28.38 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  22.98 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  22.98 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  21.13 
 
 		 380 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 273 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  33.33 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  33.33 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  21.48 
 
 		 311 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  23.75 
 
 		 334 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4506  hypothetical protein  29.73 
 
 		 310 aa  50.1  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0632978  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  28.89 
 
 		 266 aa  49.7  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  29.07 
 
 		 566 aa  49.7  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  30.77 
 
 		 404 aa  49.7  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3746  hypothetical protein  24.68 
 
 		 293 aa  49.3  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428917  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4433  hypothetical protein  33.33 
 
 		 256 aa  48.9  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  21.57 
 
 		 318 aa  48.5  0.0001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  28.89 
 
 		 330 aa  48.1  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4051  hypothetical protein  20.88 
 
 		 368 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  32.39 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  33.8 
 
 		 246 aa  47.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  32 
 
 		 340 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2434  hypothetical protein  23.33 
 
 		 308 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0163428  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 297 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 267 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  31.94 
 
 		 510 aa  47.4  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 351 aa  47  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0582  Xre-like DNA-binding protein  34.29 
 
 		 291 aa  47.4  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0704393  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  26.14 
 
 		 270 aa  47  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2983  hypothetical protein  27.86 
 
 		 375 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  31.51 
 
 		 280 aa  47  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 351 aa  46.6  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  31.08 
 
 		 362 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  25.45 
 
 		 406 aa  46.6  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>