50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1183 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1183  hypothetical protein  100 
 
 		 409 aa  807    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.297554 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  49.5 
 
 		 406 aa  345  8.999999999999999e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0861  hypothetical protein  46.08 
 
 		 405 aa  338  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0100768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1862  hypothetical protein  48.61 
 
 		 399 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1629  hypothetical protein  48.04 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2983  hypothetical protein  48.28 
 
 		 375 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1934  hypothetical protein  43.49 
 
 		 491 aa  297  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  38.16 
 
 		 436 aa  54.3  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  34.62 
 
 		 404 aa  50.4  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 260 aa  48.5  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 312 aa  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  22.67 
 
 		 210 aa  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  30.77 
 
 		 252 aa  47.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  29.9 
 
 		 285 aa  47.8  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  22.67 
 
 		 263 aa  47.8  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 296 aa  47  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  31.88 
 
 		 266 aa  46.6  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 297 aa  46.6  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  29.55 
 
 		 566 aa  46.6  0.0009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  35.14 
 
 		 357 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  27.63 
 
 		 298 aa  45.8  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  30.14 
 
 		 280 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  28.75 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  33.33 
 
 		 281 aa  46.2  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  26.67 
 
 		 304 aa  45.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 281 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 249 aa  45.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  22.75 
 
 		 340 aa  44.3  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 267 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  30 
 
 		 311 aa  44.3  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  21.05 
 
 		 307 aa  43.9  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  36.36 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  36.36 
 
 		 387 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  36.36 
 
 		 387 aa  43.9  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  36.36 
 
 		 387 aa  43.9  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 196 aa  44.3  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  29.69 
 
 		 375 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  29.69 
 
 		 376 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  29.69 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  32.08 
 
 		 289 aa  43.9  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  34.92 
 
 		 372 aa  43.9  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  36.36 
 
 		 360 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0785  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 501 aa  43.9  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0234796  normal  0.197603 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  36.36 
 
 		 336 aa  43.5  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  36.36 
 
 		 336 aa  43.5  0.007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 279 aa  43.1  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3604  transcriptional regulator, putative  26.51 
 
 		 278 aa  43.1  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  30.14 
 
 		 374 aa  43.1  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 265 aa  43.1  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  29.58 
 
 		 246 aa  42.7  0.01  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>