178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1745 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  100 
 
 		 374 aa  736    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  47.54 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  40.82 
 
 		 436 aa  87  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  38.79 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  33.33 
 
 		 566 aa  78.2  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  29.51 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  43.88 
 
 		 357 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 249 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  37.93 
 
 		 312 aa  69.3  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  26.17 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4506  hypothetical protein  34.23 
 
 		 310 aa  67  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0632978  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  28.11 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  35.48 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  31.69 
 
 		 324 aa  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  42.86 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1934  hypothetical protein  24.38 
 
 		 491 aa  62  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  41.43 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10680  hypothetical protein  36.54 
 
 		 469 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0331666  unclonable  0.0000000019821 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  24.93 
 
 		 406 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  26.56 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  39.13 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  40 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  40.54 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06601  hypothetical protein  33.33 
 
 		 236 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1009  XRE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 199 aa  58.9  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  38.57 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3604  transcriptional regulator, putative  40.85 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 260 aa  57.8  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  30.1 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  30.1 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2234  transcriptional regulator, XRE family  23.99 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  31.51 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 270 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  38.36 
 
 		 266 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  27.65 
 
 		 291 aa  55.8  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 352 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  22.4 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 267 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  21.82 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 279 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  32.53 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  23.45 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 277 aa  54.7  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  41.43 
 
 		 284 aa  54.3  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  31.51 
 
 		 340 aa  54.3  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 319 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  43.28 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07520  hypothetical protein  35.71 
 
 		 382 aa  53.9  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00214299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  44.62 
 
 		 448 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 345 aa  53.9  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1623  hypothetical protein  39.73 
 
 		 378 aa  53.9  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0072792  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  40.58 
 
 		 300 aa  53.9  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 307 aa  53.9  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.83924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  29.41 
 
 		 293 aa  53.5  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0458  hypothetical protein  31.94 
 
 		 166 aa  52.8  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.282734  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  37.8 
 
 		 281 aa  52.8  0.000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0349  hypothetical protein  36.62 
 
 		 398 aa  52.4  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00827642  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  29.03 
 
 		 293 aa  52.4  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  35.71 
 
 		 372 aa  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  28.44 
 
 		 311 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1342  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 130 aa  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1368  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 130 aa  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0112601  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  32.14 
 
 		 252 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  24.83 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0395  transcriptional regulator, XRE family  26.79 
 
 		 287 aa  51.2  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  28.67 
 
 		 313 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1465  transcriptional regulator, XRE family  26.27 
 
 		 234 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2463  hypothetical protein  40 
 
 		 142 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.495318  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3817  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  31.37 
 
 		 362 aa  50.4  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  31.33 
 
 		 334 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  31.37 
 
 		 360 aa  50.8  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4051  hypothetical protein  34.72 
 
 		 368 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  30.12 
 
 		 258 aa  50.8  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05141  hypothetical protein  30.56 
 
 		 163 aa  50.8  0.00004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.61884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3830  hypothetical protein  30.14 
 
 		 308 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000092193  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1862  hypothetical protein  24.61 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.4  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  31.43 
 
 		 303 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4218  hypothetical protein  35.29 
 
 		 407 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4013  hypothetical protein  34.72 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0785  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 501 aa  50.4  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0234796  normal  0.197603 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 196 aa  50.4  0.00005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  31.37 
 
 		 360 aa  50.1  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  31.37 
 
 		 387 aa  50.4  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  31.37 
 
 		 387 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  31.37 
 
 		 387 aa  50.4  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3746  hypothetical protein  29 
 
 		 293 aa  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428917  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>