100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0785 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0785  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
501 aa  1014    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0234796  normal  0.197603 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07520  hypothetical protein  41.38 
 
 
382 aa  75.5  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00214299  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1623  hypothetical protein  40.51 
 
 
378 aa  73.2  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0072792  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10680  hypothetical protein  35.53 
 
 
469 aa  64.3  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0331666  unclonable  0.0000000019821 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
270 aa  61.6  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  31.09 
 
 
281 aa  60.8  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 
279 aa  60.5  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 
265 aa  59.7  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  29 
 
 
130 aa  58.5  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 
249 aa  58.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
319 aa  58.2  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  33.68 
 
 
271 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  38.96 
 
 
266 aa  55.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  35.71 
 
 
510 aa  55.1  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  33.68 
 
 
273 aa  55.1  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  35.8 
 
 
404 aa  53.5  0.000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  31.88 
 
 
298 aa  53.5  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 
277 aa  52.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3553  hypothetical protein  33.8 
 
 
308 aa  51.6  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0332417  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  37.1 
 
 
304 aa  51.2  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  44.83 
 
 
374 aa  50.8  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  50.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  35.82 
 
 
347 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  40 
 
 
285 aa  49.3  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  35.82 
 
 
348 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1418  hypothetical protein  34.33 
 
 
304 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000154024  normal  0.202386 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 
326 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  34.33 
 
 
303 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  34.92 
 
 
284 aa  49.7  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  50.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  49.7  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  50.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  36.36 
 
 
448 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
314 aa  48.9  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3817  hypothetical protein  33.8 
 
 
303 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  31.43 
 
 
324 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2434  hypothetical protein  32.39 
 
 
308 aa  48.9  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0163428  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1527  response regulator receiver protein  36.76 
 
 
257 aa  49.3  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.284005 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  34.38 
 
 
436 aa  48.9  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  34.78 
 
 
312 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 
267 aa  48.9  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  35.71 
 
 
245 aa  48.9  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  32 
 
 
311 aa  48.9  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  35.38 
 
 
300 aa  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 
280 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  31.03 
 
 
210 aa  48.5  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1009  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
199 aa  48.5  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  36.92 
 
 
374 aa  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3830  hypothetical protein  33.8 
 
 
308 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000092193  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1342  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 
130 aa  47.8  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1368  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 
130 aa  47.8  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0112601  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  33.82 
 
 
387 aa  47.8  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  33.82 
 
 
387 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  33.82 
 
 
387 aa  47.8  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  31.03 
 
 
263 aa  47.4  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 
266 aa  47.4  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  33.82 
 
 
360 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  33.82 
 
 
362 aa  47.4  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  26 
 
 
189 aa  47  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  26 
 
 
189 aa  47.4  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
273 aa  47  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  35.82 
 
 
313 aa  47  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  33.82 
 
 
336 aa  47  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  33.82 
 
 
336 aa  47  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  37.1 
 
 
291 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  29.85 
 
 
340 aa  46.2  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  37.7 
 
 
314 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  34.78 
 
 
246 aa  46.6  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0861  hypothetical protein  29.81 
 
 
405 aa  46.2  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0100768  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  28.12 
 
 
342 aa  45.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 
345 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  24.75 
 
 
297 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
307 aa  45.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.83924 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 
334 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  32.35 
 
 
360 aa  45.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1629  hypothetical protein  31.08 
 
 
404 aa  45.8  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  33.85 
 
 
566 aa  45.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  32.18 
 
 
289 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 
338 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 
338 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  39.62 
 
 
380 aa  45.1  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  31.43 
 
 
243 aa  45.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
312 aa  45.4  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 
339 aa  44.7  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1862  hypothetical protein  31.08 
 
 
399 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.66544  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 
339 aa  44.7  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  39.62 
 
 
376 aa  44.7  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2186  hypothetical protein  32.81 
 
 
322 aa  44.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1934  hypothetical protein  27.06 
 
 
491 aa  44.7  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  39.62 
 
 
375 aa  44.7  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 
342 aa  44.7  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2172  hypothetical protein  32.84 
 
 
256 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  30.43 
 
 
372 aa  44.7  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  27.94 
 
 
296 aa  44.3  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1821  hypothetical protein  35.85 
 
 
266 aa  43.9  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1183  hypothetical protein  35.38 
 
 
409 aa  43.9  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.297554 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0395  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 
287 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1302  hypothetical protein  30.67 
 
 
142 aa  43.5  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2983  hypothetical protein  33.85 
 
 
375 aa  43.5  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>