124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2234 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
298 aa  598  1e-170  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  25.26 
 
 
345 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1987  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  26.87 
 
 
285 aa  87.4  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  24.26 
 
 
312 aa  82.4  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  28.37 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  32.17 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2434  hypothetical protein  43.48 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0163428  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 
297 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  31.06 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  31.06 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3830  hypothetical protein  31.06 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000092193  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  42.03 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3817  hypothetical protein  42.03 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  42.03 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  42.03 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  40.79 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  42.42 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1418  hypothetical protein  42.42 
 
 
304 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000154024  normal  0.202386 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  31.29 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  44.78 
 
 
304 aa  69.3  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3553  hypothetical protein  40.58 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0332417  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 
267 aa  67  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
241 aa  67  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.91 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0866  hypothetical protein  35.56 
 
 
441 aa  65.9  0.0000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.753935  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0582  Xre-like DNA-binding protein  34.94 
 
 
291 aa  65.9  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0704393  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 
281 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  39.44 
 
 
284 aa  63.9  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  33.78 
 
 
311 aa  63.5  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 
319 aa  62.8  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  32.43 
 
 
312 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  34.25 
 
 
266 aa  62.4  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2172  hypothetical protein  25.91 
 
 
256 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  38.03 
 
 
246 aa  60.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1659  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 
266 aa  60.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1384  Xre-like DNA-binding protein  31.48 
 
 
324 aa  60.1  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1465  transcriptional regulator, XRE family  30.61 
 
 
234 aa  59.7  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  23.53 
 
 
342 aa  59.3  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2554  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
273 aa  59.7  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35211e-22 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  38.36 
 
 
277 aa  59.3  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
326 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  31.25 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2681  transcriptional regulator, putative  36.11 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.11073  normal  0.597549 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  22.07 
 
 
300 aa  58.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  27.88 
 
 
340 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3243  hypothetical protein  31.88 
 
 
271 aa  57  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.548156  normal  0.0876475 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  27.86 
 
 
251 aa  56.6  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1342  helix-turn-helix domain-containing protein  31.08 
 
 
130 aa  56.2  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1368  helix-turn-helix domain-containing protein  31.08 
 
 
130 aa  56.2  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0112601  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  37.04 
 
 
245 aa  55.8  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  30.43 
 
 
210 aa  55.8  0.0000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  20.42 
 
 
281 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  30.43 
 
 
263 aa  55.5  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1500  hypothetical protein  28.67 
 
 
273 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.342716  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  22.99 
 
 
248 aa  54.3  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2608  hypothetical protein  36.99 
 
 
372 aa  53.9  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
249 aa  53.5  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1009  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 
199 aa  53.1  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  28.17 
 
 
243 aa  53.1  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  33.8 
 
 
565 aa  53.1  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  32.39 
 
 
289 aa  52.8  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2036  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 
328 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0080217  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1790  hypothetical protein  32.47 
 
 
165 aa  52.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
351 aa  52  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1666  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 
276 aa  52.4  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  30.43 
 
 
404 aa  52.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0785  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 
501 aa  52  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0234796  normal  0.197603 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05131  hypothetical protein  31.17 
 
 
165 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.607741  normal  0.357471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  25 
 
 
436 aa  51.2  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  29.58 
 
 
291 aa  50.1  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3604  transcriptional regulator, putative  36.36 
 
 
278 aa  50.1  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  36.23 
 
 
300 aa  49.7  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  36.76 
 
 
285 aa  49.7  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  26.98 
 
 
270 aa  49.7  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3643  heat shock protein DnaJ domain protein  29.41 
 
 
511 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129594  normal  0.0124484 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0746  hypothetical protein  25.35 
 
 
510 aa  48.1  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.204692  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0955  hypothetical protein  32.39 
 
 
191 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000127894  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  29.33 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  25.35 
 
 
448 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
325 aa  47.4  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  33.82 
 
 
333 aa  47  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0434  transcriptional regulator, putative  23.24 
 
 
289 aa  47  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0121378  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  28.95 
 
 
380 aa  47  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0624  XRE family transcriptional regulator  24.35 
 
 
272 aa  46.6  0.0005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.582381  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  24.64 
 
 
252 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  22.39 
 
 
323 aa  46.6  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  24.44 
 
 
293 aa  46.2  0.0007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1183  hypothetical protein  27.63 
 
 
409 aa  46.2  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.297554 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  30.65 
 
 
374 aa  45.8  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
196 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  23.75 
 
 
342 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1204  hypothetical protein  26.67 
 
 
338 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00102705  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  26.4 
 
 
350 aa  45.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  27 
 
 
345 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  42.86 
 
 
294 aa  44.7  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0233  hypothetical protein  30.43 
 
 
232 aa  44.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1934  hypothetical protein  25.33 
 
 
491 aa  44.7  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  23.91 
 
 
566 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0933  hypothetical protein  30.99 
 
 
191 aa  45.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000161555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>