160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3541 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  561  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1204  hypothetical protein  59.77 
 
 		 338 aa  247  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00102705  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  39.76 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  38.52 
 
 		 243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2172  hypothetical protein  36.36 
 
 		 256 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1500  hypothetical protein  35.94 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.342716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  26.85 
 
 		 251 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  35.63 
 
 		 565 aa  99.4  6e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  27.86 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0529  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.235438  normal  0.474385 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  26.54 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1282  XRE family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.181743 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  24.82 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0794  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.28 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.898651  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1465  transcriptional regulator, XRE family  22.31 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0838  XRE family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 270 aa  70.9  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1073  XRE family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.98421 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3128  transcriptional regulator, XRE family  27.1 
 
 		 267 aa  67  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0824833  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  28.46 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4046  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0395  transcriptional regulator, XRE family  27.08 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2019  hypothetical protein  26.55 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  18.85 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  24.18 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  28.46 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3746  hypothetical protein  23.31 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  26.32 
 
 		 374 aa  63.5  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1186  hypothetical protein  23.81 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.613527  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  22.48 
 
 		 312 aa  62.4  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  20.14 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3795  hypothetical protein  19.79 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175275 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3524  hypothetical protein  19.79 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00215558  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4433  hypothetical protein  23.53 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3632  hypothetical protein  19.79 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000216047  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3918  hypothetical protein  19.79 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000248975  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  27.87 
 
 		 333 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1422  hypothetical protein  41.54 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.542489  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  25 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  25 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  25 
 
 		 375 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4317  hypothetical protein  23.08 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  20 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3542  hypothetical protein  19.44 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000464083  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  26.45 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1418  hypothetical protein  19.72 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000154024  normal  0.202386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2936  helix-turn-helix domain-containing protein  25.56 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000364599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  23.27 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1466  hypothetical protein  32.47 
 
 		 307 aa  57  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3604  transcriptional regulator, putative  26.12 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  25.76 
 
 		 325 aa  55.8  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  31.06 
 
 		 566 aa  55.8  0.0000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  27.66 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  24.31 
 
 		 380 aa  55.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  23.25 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  21.67 
 
 		 245 aa  55.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  28.17 
 
 		 285 aa  55.5  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  34.78 
 
 		 263 aa  55.5  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  22.53 
 
 		 252 aa  55.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  34.78 
 
 		 210 aa  55.5  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  38.03 
 
 		 291 aa  54.3  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  26.28 
 
 		 340 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  30.77 
 
 		 361 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  25.17 
 
 		 273 aa  54.3  0.000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  23.66 
 
 		 336 aa  53.9  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  23.91 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  23.65 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  30.77 
 
 		 347 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2234  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.39 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00374072  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  18.53 
 
 		 296 aa  52.8  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  30.77 
 
 		 348 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  22.22 
 
 		 189 aa  52.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 130 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  25 
 
 		 330 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  22.22 
 
 		 189 aa  52.4  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1269  hypothetical protein  32.91 
 
 		 312 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  34.34 
 
 		 314 aa  52  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  33.33 
 
 		 340 aa  52  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  25.9 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  36 
 
 		 448 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.43 
 
 		 448 aa  50.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1340  Xre-like DNA-binding protein  30.99 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000360775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0434  transcriptional regulator, putative  23.57 
 
 		 289 aa  51.6  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0121378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  25 
 
 		 310 aa  50.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3553  hypothetical protein  18.09 
 
 		 308 aa  51.6  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0332417  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  44.44 
 
 		 362 aa  50.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  44.44 
 
 		 360 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  19.06 
 
 		 331 aa  50.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1956  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  39.71 
 
 		 279 aa  50.8  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.469098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  44.44 
 
 		 336 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  44.44 
 
 		 387 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  44.44 
 
 		 387 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  44.44 
 
 		 336 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  44.44 
 
 		 387 aa  50.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1666  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 276 aa  49.7  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.128855 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1976  heat shock protein DnaJ domain protein  40.58 
 
 		 292 aa  49.3  0.00007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  23.25 
 
 		 374 aa  49.3  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>