164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1150 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 360 aa  701    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  97.22 
 
 		 360 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  64.96 
 
 		 367 aa  388  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.06 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  26.56 
 
 		 375 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  26.52 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  27.65 
 
 		 374 aa  98.6  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  30.63 
 
 		 336 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  26.39 
 
 		 376 aa  97.1  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  29.82 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  29.82 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  29.52 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  31.76 
 
 		 322 aa  94.4  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  29.13 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  29.52 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  27.04 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  27.92 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  27.51 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  28.14 
 
 		 336 aa  90.1  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  26.97 
 
 		 356 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  28.7 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  27.38 
 
 		 356 aa  86.7  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 325 aa  86.3  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  26.78 
 
 		 361 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  26.78 
 
 		 361 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  27.63 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  29.18 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  26.58 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  29.22 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  26.63 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  26.67 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  29.76 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  26.12 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  26.67 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  29.91 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  28.96 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  28.96 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  28.96 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  27.44 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  28.57 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  23.64 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  23.63 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  26.05 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  25.79 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  27.33 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  27.52 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  25.93 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  27.99 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  27.99 
 
 		 286 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  24.09 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.03 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  24.11 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5114  XRE family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 342 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 345 aa  65.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  35.51 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  25.99 
 
 		 288 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  39.74 
 
 		 362 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2356  hypothetical protein  39.74 
 
 		 360 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2308  hypothetical protein  27.91 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318236  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1836  hypothetical protein  39.74 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.172253  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0061  hypothetical protein  39.74 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0231937  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2191  hypothetical protein  39.74 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.452713  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2229  hypothetical protein  39.74 
 
 		 336 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0169473  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1108  hypothetical protein  39.74 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148526  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  21.68 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 338 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  30.12 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  28.24 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  32.58 
 
 		 331 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  49.18 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  25.38 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05131  hypothetical protein  32.98 
 
 		 165 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.607741  normal  0.357471 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1790  hypothetical protein  34.18 
 
 		 165 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4218  hypothetical protein  33.77 
 
 		 407 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.46 
 
 		 448 aa  57  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  42.25 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0913  hypothetical protein  43.1 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.373536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 260 aa  54.3  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  39.44 
 
 		 436 aa  53.9  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2186  hypothetical protein  37.8 
 
 		 322 aa  53.5  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0134  hypothetical protein  37.35 
 
 		 404 aa  53.1  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.244573 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 352 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>