155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1431 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  100 
 
 		 310 aa  634    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  60.35 
 
 		 340 aa  345  6e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  50.17 
 
 		 321 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  47.84 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  49.85 
 
 		 336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  45.1 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  44.91 
 
 		 356 aa  262  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  43.73 
 
 		 361 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  43.73 
 
 		 361 aa  257  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  37.7 
 
 		 374 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  37.39 
 
 		 376 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  43.29 
 
 		 340 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  37.01 
 
 		 380 aa  245  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  36.68 
 
 		 375 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  40.69 
 
 		 361 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  47.64 
 
 		 364 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  32.39 
 
 		 323 aa  162  6e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  27.59 
 
 		 350 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  35.34 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  31.37 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  31.45 
 
 		 393 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  33.11 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  31.44 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  30.6 
 
 		 336 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  30.03 
 
 		 336 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  31.51 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  31.51 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  28.75 
 
 		 345 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  31.75 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  30.84 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  30.84 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  30.84 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 337 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  30.09 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  28.16 
 
 		 336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  29.11 
 
 		 334 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  26.77 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  29.06 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.17 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  28.21 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  25.25 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  25.25 
 
 		 326 aa  90.5  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  27.1 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  25.71 
 
 		 300 aa  86.3  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  25.67 
 
 		 281 aa  85.9  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  28.05 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  25.99 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  26.12 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 360 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  35 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  35 
 
 		 363 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  25.77 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  24.15 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  24.16 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  24.58 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  24.58 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  22.04 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  23.05 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  22.62 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  31.93 
 
 		 375 aa  64.3  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  29.77 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  29.77 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 329 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  42.67 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  38.46 
 
 		 367 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  21.86 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  36.49 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  37.31 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  28.46 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  22.71 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  31.93 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  26.81 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  21.57 
 
 		 288 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  31.52 
 
 		 448 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  35.82 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  35.82 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  25.55 
 
 		 210 aa  54.7  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  21.57 
 
 		 288 aa  53.9  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  21.72 
 
 		 293 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  25.55 
 
 		 263 aa  54.3  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  20.97 
 
 		 289 aa  53.5  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 285 aa  53.5  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 307 aa  53.1  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.83924 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0434  transcriptional regulator, putative  23.14 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0121378  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 130 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 351 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  21.82 
 
 		 258 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  26.97 
 
 		 289 aa  50.8  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>