166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0882 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 340 aa  679    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  91.18 
 
 		 335 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  82.56 
 
 		 344 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  80.17 
 
 		 343 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  61.05 
 
 		 331 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  61.18 
 
 		 334 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  58.45 
 
 		 347 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  56.46 
 
 		 348 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  55.98 
 
 		 329 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  53.37 
 
 		 342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  70.9 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  30.89 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  30.03 
 
 		 393 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  28.53 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  32.42 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.77 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  31.69 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 337 aa  123  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  29.28 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  29.28 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  29.28 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  29.28 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  29.71 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  30.95 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  29.28 
 
 		 337 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  31.69 
 
 		 334 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  29.28 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  31.21 
 
 		 334 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  31.69 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  25.66 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  29.71 
 
 		 323 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  29.97 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  27.54 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  28.86 
 
 		 356 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  29.36 
 
 		 334 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  25.82 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  26.55 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  25.6 
 
 		 376 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  28.92 
 
 		 324 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  26.9 
 
 		 356 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  24.28 
 
 		 350 aa  106  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  29.28 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  29.64 
 
 		 340 aa  106  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  26.93 
 
 		 380 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  23.53 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  27.01 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  29.09 
 
 		 311 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  29.33 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  27.01 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  27.11 
 
 		 361 aa  102  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  25.42 
 
 		 368 aa  99.4  8e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  26.83 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  24.85 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  26.97 
 
 		 340 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  25.77 
 
 		 374 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  26.42 
 
 		 363 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  24.56 
 
 		 321 aa  90.1  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  25.9 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  30.26 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 345 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  25.7 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  30.03 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  25.89 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.09 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  24.29 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  29.1 
 
 		 360 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  27.59 
 
 		 367 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1263  hypothetical protein  25.47 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  32.14 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  23.33 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  33.33 
 
 		 331 aa  65.9  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  28.69 
 
 		 448 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  31.18 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2257  hypothetical protein  31.97 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.347318  normal  0.175939 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  25.18 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  25.18 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 196 aa  62  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  25.08 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  25.08 
 
 		 286 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3558  hypothetical protein  40.85 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  0.187263 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3592  hypothetical protein  26.12 
 
 		 566 aa  58.9  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  30.85 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1745  hypothetical protein  22.05 
 
 		 374 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.934061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  37.04 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  32.91 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  27.82 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  26.9 
 
 		 189 aa  56.6  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1608  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.174572  normal  0.114559 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  29.66 
 
 		 436 aa  56.2  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1115  transcriptional regulator, putative  43.48 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  37.68 
 
 		 246 aa  55.5  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1167  hypothetical protein  31.65 
 
 		 375 aa  54.7  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.532501 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>