217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1909 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  253  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  72 
 
 		 126 aa  191  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  72.36 
 
 		 123 aa  190  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  74.19 
 
 		 120 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  73.17 
 
 		 119 aa  184  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  74.19 
 
 		 120 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  74.19 
 
 		 120 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 125 aa  136  7.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 127 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 210 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 161 aa  115  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  43.17 
 
 		 174 aa  110  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  44.35 
 
 		 138 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 145 aa  107  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 171 aa  107  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  43.2 
 
 		 139 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 139 aa  103  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 140 aa  104  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  43.65 
 
 		 140 aa  103  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 140 aa  103  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 138 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 149 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  42.98 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 135 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 140 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 137 aa  99.4  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 137 aa  99.4  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 139 aa  98.6  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 155 aa  99.4  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  46.56 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 136 aa  98.6  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 142 aa  95.9  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  53.25 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 139 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  43.7 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 145 aa  94.4  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  43.7 
 
 		 141 aa  94.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  40.52 
 
 		 139 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 166 aa  94  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 152 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 146 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  90.1  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 152 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  38.4 
 
 		 152 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  86.3  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  40.65 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  36.76 
 
 		 213 aa  85.5  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  37.5 
 
 		 141 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 120 aa  84.3  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 128 aa  83.2  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  43.75 
 
 		 131 aa  81.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  35.25 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 180 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  55.71 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  40.78 
 
 		 134 aa  76.6  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 		 135 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  39.81 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  40.19 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  39.25 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 162 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  40.19 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  40.19 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  40.37 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 148 aa  67  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  33.04 
 
 		 308 aa  62  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  33.04 
 
 		 302 aa  61.2  0.000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  40.91 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 149 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 108 aa  57  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 114 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  34.15 
 
 		 303 aa  51.6  0.000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  28.7 
 
 		 303 aa  51.6  0.000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 124 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>