161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0443 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  100 
 
 
140 aa  283  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  89.29 
 
 
138 aa  250  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  85.71 
 
 
139 aa  238  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  88.57 
 
 
139 aa  230  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  79.71 
 
 
135 aa  226  7e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  78.26 
 
 
137 aa  217  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  78.26 
 
 
137 aa  217  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  76.47 
 
 
140 aa  204  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  66.42 
 
 
139 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  67.42 
 
 
139 aa  187  5e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 
138 aa  186  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 
139 aa  186  9e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 
137 aa  186  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  61.7 
 
 
166 aa  184  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  65.44 
 
 
139 aa  184  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  65.91 
 
 
139 aa  183  7e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 
155 aa  173  8e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  62.88 
 
 
138 aa  171  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  62.5 
 
 
137 aa  171  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  57.25 
 
 
147 aa  165  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  56.2 
 
 
161 aa  155  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  54.01 
 
 
152 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  54.81 
 
 
140 aa  151  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 
142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  56.12 
 
 
141 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  56.3 
 
 
141 aa  147  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  54.2 
 
 
152 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  53.44 
 
 
138 aa  144  6e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  54.2 
 
 
152 aa  142  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  52.67 
 
 
137 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  52.24 
 
 
146 aa  140  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 
144 aa  140  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  46.48 
 
 
210 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 
174 aa  137  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  50.38 
 
 
171 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  51.49 
 
 
140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  49.29 
 
 
156 aa  121  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 
128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  46.03 
 
 
123 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  47.24 
 
 
131 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  40.29 
 
 
136 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
120 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  45.86 
 
 
141 aa  110  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 
135 aa  106  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 
149 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  43.65 
 
 
123 aa  103  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 
134 aa  103  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 
136 aa  103  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 
134 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  43.85 
 
 
162 aa  101  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 
135 aa  100  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 
142 aa  100  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  42.64 
 
 
134 aa  100  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  42.64 
 
 
142 aa  100  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 
134 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  39.16 
 
 
213 aa  97.8  5e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  44.72 
 
 
135 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  44.09 
 
 
135 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 
140 aa  95.9  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  39.53 
 
 
134 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  42.64 
 
 
146 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  40.31 
 
 
135 aa  94  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 
134 aa  93.6  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
125 aa  93.6  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  38.73 
 
 
215 aa  92.4  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 
149 aa  92.4  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  45.38 
 
 
135 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  37.4 
 
 
145 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 
180 aa  88.2  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  42.28 
 
 
128 aa  87  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  44.55 
 
 
121 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  39.1 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  39.23 
 
 
143 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  36.76 
 
 
144 aa  83.2  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  55.71 
 
 
121 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 
121 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  43.43 
 
 
130 aa  72.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  34.43 
 
 
134 aa  70.1  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  33.08 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
114 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
148 aa  62.8  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  29.46 
 
 
135 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
138 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
124 aa  57  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
149 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3148  XRE family transcriptional regulator  26.15 
 
 
185 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3193  XRE family transcriptional regulator  26.15 
 
 
185 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.324962  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
108 aa  52  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>