160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_6504 on replicon NC_011371
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
152 aa  308  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  91.45 
 
 
152 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  54 
 
 
152 aa  157  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  54.26 
 
 
138 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  54.2 
 
 
140 aa  144  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  52.27 
 
 
141 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  51.54 
 
 
141 aa  140  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  53.08 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  54.07 
 
 
139 aa  139  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  54.35 
 
 
166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  52.59 
 
 
139 aa  138  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
138 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  51.49 
 
 
139 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 
139 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
139 aa  135  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  51.91 
 
 
140 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  48.92 
 
 
138 aa  134  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  47.79 
 
 
139 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
155 aa  130  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  51.16 
 
 
135 aa  130  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  50.77 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  50.77 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 
137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  52.27 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  47.01 
 
 
137 aa  122  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  49.22 
 
 
144 aa  122  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  47.06 
 
 
138 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  45.52 
 
 
140 aa  120  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  48.85 
 
 
171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  47.73 
 
 
146 aa  116  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  44.09 
 
 
137 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  44.6 
 
 
145 aa  110  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  46.92 
 
 
140 aa  110  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  45.38 
 
 
142 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  42.14 
 
 
161 aa  106  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
210 aa  103  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  43.07 
 
 
141 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  47.33 
 
 
128 aa  100  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
174 aa  98.6  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
134 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  40.15 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
120 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  42.96 
 
 
144 aa  94  7e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
123 aa  92.8  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  39.57 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 
136 aa  92.8  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  40.44 
 
 
149 aa  92  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  39.86 
 
 
149 aa  89.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 
134 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  41.41 
 
 
134 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  38.35 
 
 
131 aa  87.8  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  41.41 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  37.01 
 
 
123 aa  87.8  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 
156 aa  87.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
120 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 
145 aa  86.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 
126 aa  86.7  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
119 aa  86.3  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
120 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
120 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
146 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  43.27 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
162 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  36.09 
 
 
136 aa  83.6  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  39.71 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  40.16 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  39.69 
 
 
135 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  39.69 
 
 
142 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  39.69 
 
 
142 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.23 
 
 
215 aa  79.7  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 
213 aa  79.3  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
143 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 
135 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  52 
 
 
121 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  37.96 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 
129 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  35.29 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  38.28 
 
 
128 aa  67.4  0.00000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 
113 aa  67  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  57.35 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 
121 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 
130 aa  64.7  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
127 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 
108 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 
127 aa  55.1  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  31.62 
 
 
135 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  29.2 
 
 
308 aa  53.5  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
139 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 
149 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 
124 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3148  XRE family transcriptional regulator  24.82 
 
 
185 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3193  XRE family transcriptional regulator  24.82 
 
 
185 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.324962  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  29.66 
 
 
312 aa  48.5  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>