166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5909 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 149 aa  297  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 149 aa  197  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 135 aa  103  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 135 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 135 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 135 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 149 aa  67.4  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 126 aa  67.4  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 136 aa  67.4  0.00000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 119 aa  67  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 124 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 142 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  41.79 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  38.96 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  40.23 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  42.47 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 210 aa  62  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  35.34 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  34.59 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  36.99 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  43.66 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  28.23 
 
 		 144 aa  53.5  0.0000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 139 aa  52.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 152 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 121 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 154 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6457  putative transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 175 aa  48.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0109923 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 129 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 152 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 185 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 108 aa  47  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  36.49 
 
 		 141 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  35.21 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 240 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 244 aa  45.4  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 133 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>