117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0707 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 104 aa  201  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 113 aa  57.4  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.43 
 
 		 218 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  36.84 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  40.58 
 
 		 263 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2941  transcriptional regulator, XRE family  40.78 
 
 		 117 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.38936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  46.88 
 
 		 428 aa  47.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 428 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 366 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  36.36 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  39.19 
 
 		 205 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  33.65 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  38.89 
 
 		 71 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1136  DNA-binding protein  49.06 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.632905  normal  0.0362151 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1025  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00172819  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1044  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0449357  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  51.22 
 
 		 166 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 428 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  51.22 
 
 		 146 aa  44.3  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  32.69 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 		 105 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  32.69 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 171 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3926  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 127 aa  43.9  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  29.9 
 
 		 233 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 152 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  36.05 
 
 		 119 aa  43.9  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 139 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  39.08 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  29.9 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  46.34 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  29.9 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2882  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00173461  normal  0.866875 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 359 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  49.06 
 
 		 202 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0013  XRE family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 138 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 141 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 251 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5240  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 159 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1193  putative phage repressor  40.28 
 
 		 230 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0826973  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  30.77 
 
 		 223 aa  41.6  0.003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 140 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5619  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 159 aa  41.6  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173792  normal  0.0387834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 138 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 		 187 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 80 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 116 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 116 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  31.31 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  34.74 
 
 		 240 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4792  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 71 aa  41.2  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0662158  normal  0.716445 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 142 aa  41.2  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3385  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0928  Cro/CI family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 167 aa  41.2  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00442924  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  33.68 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 204 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  44.83 
 
 		 184 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  41.46 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 252 aa  40.8  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  42.25 
 
 		 181 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>