52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1608 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  49.46 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  43.48 
 
 		 173 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 130 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 110 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 110 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  40.3 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  40 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 126 aa  53.9  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  38.71 
 
 		 149 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  38.81 
 
 		 118 aa  52.4  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 123 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 123 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 129 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 179 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  36.9 
 
 		 130 aa  51.6  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 116 aa  51.2  0.000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  44.07 
 
 		 239 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  33.87 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.85 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 129 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 129 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 137 aa  48.9  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 129 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 116 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 116 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  37.97 
 
 		 143 aa  47  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 130 aa  46.2  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 118 aa  45.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 300 aa  45.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  45 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  47.06 
 
 		 258 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 188 aa  42.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  44.64 
 
 		 182 aa  42.7  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  28.32 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 132 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 132 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 132 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  40.82 
 
 		 123 aa  41.6  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  41.6  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 129 aa  41.2  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 115 aa  41.2  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1350  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 84 aa  41.2  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.98003  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>