114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0762 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  254  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 132 aa  254  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  92.42 
 
 		 132 aa  237  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  56.45 
 
 		 130 aa  143  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 133 aa  133  8e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  44.26 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  56.92 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  35.9 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  31.25 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  27.27 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  27.27 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  25.64 
 
 		 209 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  36.84 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  36.84 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  30.77 
 
 		 235 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 321 aa  47.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  40.91 
 
 		 239 aa  47  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 		 132 aa  45.4  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  36.36 
 
 		 139 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  38.81 
 
 		 225 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  34.85 
 
 		 213 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 110 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  44.7  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2265  XRE family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 145 aa  44.7  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000780415  unclonable  0.00000217866 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  32.29 
 
 		 196 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  34.74 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  33.82 
 
 		 293 aa  43.9  0.0007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  33.33 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  36.62 
 
 		 227 aa  43.5  0.0009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 138 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.5  0.0009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  30.08 
 
 		 216 aa  43.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 128 aa  42.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  38.67 
 
 		 248 aa  42.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0666  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 150 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6165  hypothetical protein  34.21 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  32.65 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7229  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 470 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  29.87 
 
 		 436 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 358 aa  42.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  42.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  30.65 
 
 		 194 aa  42.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 489 aa  42.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 183 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  23.71 
 
 		 134 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 273 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 163 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 185 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  30 
 
 		 243 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 206 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 301 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  43.08 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 235 aa  41.2  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  31.75 
 
 		 263 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  32.39 
 
 		 134 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 320 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 296 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 210 aa  41.2  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 114 aa  41.2  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 151 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.81 
 
 		 240 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  32.81 
 
 		 240 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  31.58 
 
 		 374 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 277 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 260 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 205 aa  40.8  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  27.87 
 
 		 374 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 374 aa  40.4  0.007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  27.87 
 
 		 374 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  40.8  0.007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5268  hypothetical protein  26.67 
 
 		 127 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938055  normal  0.0893238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  38.1 
 
 		 219 aa  40.4  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  29.82 
 
 		 374 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 117 aa  40.4  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  27.87 
 
 		 374 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>