160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2451 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 139 aa  283  7e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  35.2 
 
 		 210 aa  63.9  0.0000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 374 aa  57  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  42.11 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 380 aa  53.9  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 192 aa  53.5  0.0000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 74 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 206 aa  53.1  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 321 aa  52  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 268 aa  51.2  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 277 aa  50.8  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  29.07 
 
 		 114 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  50.4  0.000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  29.07 
 
 		 114 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 135 aa  50.4  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  43.86 
 
 		 209 aa  50.1  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 247 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 142 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  34.43 
 
 		 262 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 185 aa  48.9  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  42.11 
 
 		 459 aa  48.9  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 163 aa  49.7  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 322 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 358 aa  48.5  0.00003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  44.23 
 
 		 348 aa  48.5  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  48.5  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 137 aa  48.1  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 262 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 262 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  34.43 
 
 		 262 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 176 aa  47.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  42.19 
 
 		 227 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 142 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 196 aa  47.8  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 115 aa  47.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.38 
 
 		 200 aa  47.8  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 359 aa  47.4  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 85 aa  47.4  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 163 aa  47  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 328 aa  46.6  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  31.52 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  37.88 
 
 		 229 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  35 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  35.09 
 
 		 206 aa  46.2  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  41.38 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 117 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  41.38 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 370 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  40.74 
 
 		 369 aa  45.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 259 aa  45.8  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 244 aa  46.2  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  32.14 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 60 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 327 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  32.26 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 145 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 364 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 92 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 206 aa  44.3  0.0006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  40.38 
 
 		 436 aa  43.9  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  28.16 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 273 aa  43.9  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  36.54 
 
 		 194 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  42.7  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  42.7  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  33.33 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>