295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2295 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  93.4 
 
 		 106 aa  205  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0095  XRE family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 107 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 107 aa  96.7  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2204  XRE family transcriptional regulator  47 
 
 		 107 aa  94.4  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000112019  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 107 aa  91.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3236  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 113 aa  90.1  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5099  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3187  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5180  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0203095 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2782  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.821719  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 105 aa  58.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1157  XRE family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00152463  hitchhiker  0.0000187625 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0023  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.181624 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2269  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 127 aa  55.1  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 516 aa  53.9  0.0000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 281 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  41.54 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 181 aa  52  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  41.54 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  41.54 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1123  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 221 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0106313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4259  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 206 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 119 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1029  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 219 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 411 aa  50.4  0.000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  32.99 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 496 aa  48.9  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 500 aa  48.5  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0668  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1025  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 219 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.976587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 199 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 199 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 199 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  38.46 
 
 		 209 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 224 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 77 aa  47.8  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  30.84 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 194 aa  47.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 		 199 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 101 aa  47.4  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 300 aa  47.4  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 207 aa  47  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 199 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  34.15 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.93 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 188 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  36.51 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  32.46 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.93 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.93 
 
 		 122 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.28 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 184 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  42.19 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 133 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 222 aa  45.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  31.58 
 
 		 114 aa  46.2  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 115 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 184 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 184 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 176 aa  45.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  36.51 
 
 		 207 aa  45.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1849  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 200 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1668  Cro/CI family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 200 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.118403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1787  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 200 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0263563  normal  0.220225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 189 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  40.32 
 
 		 183 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1789  transcriptional regulator, Cro/CI family  42.37 
 
 		 200 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.225 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 205 aa  45.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>