62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0557 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0557  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 89 aa  180  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.863729 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1150  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.44 
 
 		 230 aa  51.6  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000248041  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.3 
 
 		 114 aa  48.9  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.96581  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  40.85 
 
 		 508 aa  48.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 117 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4878  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 346 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 503 aa  47.4  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 169 aa  47.4  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2889  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 223 aa  47  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 513 aa  47  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 133 aa  46.2  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2568  LacI family transcription regulator  39.62 
 
 		 223 aa  46.6  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3124  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 196 aa  46.2  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 513 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  33.33 
 
 		 507 aa  43.9  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3435  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 116 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0322036  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2140  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 428 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  43.64 
 
 		 347 aa  42.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0049  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 220 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2134  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.29 
 
 		 114 aa  42.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0677285  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 79 aa  43.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0589  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 239 aa  43.5  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1801  DNA-binding transcriptional regulator HipB  38.18 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  38.18 
 
 		 516 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  61.76 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 122 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 428 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 95 aa  42  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 468 aa  42  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0689  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 237 aa  41.2  0.004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 107 aa  40.8  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  40 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 428 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 497 aa  40.8  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1981  helix-turn-helix domain-containing protein  51.52 
 
 		 237 aa  40.8  0.006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.323188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2503  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 117 aa  40.8  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0155  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.540606  hitchhiker  0.00139635 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 209 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  35.59 
 
 		 141 aa  40.4  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2822  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00025519  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2363  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  46.51 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  38.98 
 
 		 436 aa  40.4  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  40 
 
 		 227 aa  40  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 103 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 204 aa  40  0.01  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1662  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 242 aa  40  0.01  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.126051  hitchhiker  0.00273483 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  46.51 
 
 		 132 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 132 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 103 aa  40  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1252  putative transcription regulator protein  41.82 
 
 		 88 aa  40  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>