97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2268 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
201 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2000  hypothetical protein  63.16 
 
 
83 aa  103  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.23181  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  49.54 
 
 
124 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  46.79 
 
 
119 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  45.87 
 
 
124 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 
130 aa  93.2  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  38.53 
 
 
110 aa  90.5  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  39.34 
 
 
124 aa  89.4  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4743  plasmid stabilization system  53.95 
 
 
86 aa  85.5  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.786175  normal  0.0196612 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 
263 aa  78.2  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  43.01 
 
 
115 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 
129 aa  71.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6628  hypothetical protein  47.37 
 
 
82 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.273077 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  36.04 
 
 
155 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  38.66 
 
 
143 aa  65.5  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0985  addiction module toxin, RelE/StbE family  43.84 
 
 
85 aa  63.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  36.7 
 
 
129 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  35.78 
 
 
129 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3171  hypothetical protein  47.54 
 
 
68 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00924455  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2944  hypothetical protein  47.54 
 
 
68 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110723 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0603  plasmid stabilization system  39.47 
 
 
103 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.837316  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  37.27 
 
 
137 aa  55.8  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1787  hypothetical protein  50.82 
 
 
69 aa  55.8  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.4 
 
 
138 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 
135 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4070  plasmid stabilization system protein  42.11 
 
 
80 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3073  plasmid stabilization system protein  35.53 
 
 
83 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2431  normal  0.0660854 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 
94 aa  52  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  36.94 
 
 
123 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  32.38 
 
 
112 aa  49.3  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  40.35 
 
 
184 aa  48.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 
181 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
69 aa  47  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 
91 aa  47  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  49.02 
 
 
181 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2414  plasmid stabilization system protein  36.36 
 
 
83 aa  46.2  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.496322  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
213 aa  46.2  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 
143 aa  46.2  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 
199 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1021  RelE protein  38.16 
 
 
83 aa  45.8  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  41.82 
 
 
383 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 
194 aa  45.8  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
490 aa  45.4  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 
115 aa  45.4  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 
101 aa  45.4  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.99 
 
 
342 aa  45.1  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 
256 aa  45.1  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
104 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  45.45 
 
 
104 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1680  hypothetical protein  39.74 
 
 
103 aa  44.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.521078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 
300 aa  44.3  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 
134 aa  44.7  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
191 aa  43.9  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 
371 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 
255 aa  43.5  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 
82 aa  43.9  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
117 aa  43.9  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
110 aa  43.5  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 
294 aa  43.9  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  43.86 
 
 
177 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
104 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 
74 aa  43.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
62 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
187 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  46.94 
 
 
127 aa  43.5  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 
497 aa  43.1  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1817  addiction module antitoxin  29.87 
 
 
84 aa  43.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0467735  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  37.35 
 
 
212 aa  43.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
187 aa  42.4  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
806 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  51.06 
 
 
210 aa  42.7  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
140 aa  42.4  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 
86 aa  42.4  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1039  plasmid stabilization system  41.03 
 
 
83 aa  42.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358287 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 
60 aa  42.4  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 
123 aa  42  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 
142 aa  42  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
79 aa  42.4  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 
306 aa  42.4  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
77 aa  42.4  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  49.02 
 
 
270 aa  42  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
77 aa  42  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.18 
 
 
338 aa  41.6  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  40.43 
 
 
436 aa  41.6  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4072  helix-turn-helix domain protein  41.82 
 
 
380 aa  41.6  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0473  addiction module toxin, RelE/StbE family  29.87 
 
 
84 aa  42  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000210818  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  40.35 
 
 
120 aa  41.6  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
187 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
218 aa  41.6  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 
77 aa  41.6  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.38 
 
 
305 aa  41.6  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
194 aa  41.6  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
177 aa  41.2  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
201 aa  41.2  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
109 aa  41.2  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 
255 aa  41.2  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>