98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1224 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 94 aa  189  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  36.27 
 
 		 156 aa  51.2  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 85 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 230 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 125 aa  47  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  34.09 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  32.98 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 213 aa  45.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 76 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0330  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  32.86 
 
 		 79 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 198 aa  43.9  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 67 aa  43.9  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  36.84 
 
 		 72 aa  43.5  0.0009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  29.73 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 165 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 86 aa  42.7  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  35.94 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  33.33 
 
 		 156 aa  43.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 194 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 218 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0386  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000617682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  32.93 
 
 		 469 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 60 aa  42.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 		 87 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 128 aa  42  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 97 aa  41.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 83 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 201 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  36.99 
 
 		 84 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 78 aa  41.6  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 128 aa  42  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  35.48 
 
 		 196 aa  41.6  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 187 aa  41.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 78 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1577  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.752058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 109 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 180 aa  41.2  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 215 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0936  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 120 aa  41.2  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  27.63 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 77 aa  40.8  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 185 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 110 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.93 
 
 		 267 aa  40.4  0.009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  40.4  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 72 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 165 aa  40  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  40  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 83 aa  40  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>