77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0927 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0927  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 155 aa  293  7e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0199009  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 300 aa  60.5  0.000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 252 aa  57.4  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0928  hypothetical protein  43.75 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049003  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3236  transcriptional regulator, XRE family  31.63 
 
 		 113 aa  51.2  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355166  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 411 aa  50.8  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  28.28 
 
 		 255 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  46.27 
 
 		 258 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 256 aa  47  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 143 aa  47  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  34 
 
 		 206 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 76 aa  44.7  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 414 aa  44.7  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  28.47 
 
 		 255 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 406 aa  44.7  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 91 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 474 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  38.6 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 199 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 189 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.76 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  42.37 
 
 		 72 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 825 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 201 aa  43.1  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  30.49 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  45.9 
 
 		 184 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 200 aa  41.6  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 470 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 101 aa  41.2  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 230 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 407 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.59 
 
 		 267 aa  41.2  0.006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 91 aa  41.2  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 213 aa  41.2  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 78 aa  40.8  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  46.03 
 
 		 182 aa  40.8  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 183 aa  40.8  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 123 aa  40.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 491 aa  40.4  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 114 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2004  hypothetical protein  30.53 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>