124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4534 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 80 aa  160  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  59.21 
 
 		 82 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  67.19 
 
 		 93 aa  86.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 75 aa  68.2  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 78 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 		 79 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 90 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  53.52 
 
 		 77 aa  63.2  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  53.52 
 
 		 77 aa  63.2  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 230 aa  61.6  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 79 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  47.3 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  54.72 
 
 		 74 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 57 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 81 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  46.03 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 76 aa  52.8  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.98 
 
 		 129 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 76 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 84 aa  52  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 390 aa  51.6  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 80 aa  51.2  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40.28 
 
 		 75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  43.28 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  42.19 
 
 		 87 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40.35 
 
 		 67 aa  48.9  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 83 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  33.75 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 154 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 82 aa  48.9  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  46.15 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 85 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  47.92 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  47.92 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 90 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 81 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  39.68 
 
 		 154 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 93 aa  47  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 86 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 68 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 213 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 81 aa  45.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 83 aa  44.7  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 100 aa  44.3  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  44.26 
 
 		 80 aa  44.3  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 120 aa  44.3  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 75 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 83 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.94 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 116 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  38.03 
 
 		 113 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 68 aa  41.6  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 69 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>