49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0640 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0640  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 104 aa  211  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.215553  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0330  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1786  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 82 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.365144  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  26.37 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  36.84 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 210 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  25.27 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4035  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 80 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.193941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 192 aa  41.6  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 171 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 203 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 175 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0921  Tn916, transcriptional regulator, putative  29.51 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 183 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  35 
 
 		 245 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  28.07 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1519  transcriptional regulator, XRE family  25.35 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0937641 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  26.32 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.71 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 184 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 131 aa  40.8  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0320  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 61 aa  40.4  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.222934  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 86 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 180 aa  40.4  0.009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 		 79 aa  40.4  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 97 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 178 aa  40  0.01  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  30.3 
 
 		 188 aa  40  0.01  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 198 aa  40  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 199 aa  40  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>