263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4529 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 120 aa  244  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  49.46 
 
 		 107 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  43.68 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 128 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 109 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  43.82 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  44.26 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  41.94 
 
 		 245 aa  52.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 219 aa  52  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  40.58 
 
 		 215 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 179 aa  51.2  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 234 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 74 aa  50.4  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 224 aa  50.4  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 91 aa  49.7  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40.98 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 219 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.98 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 222 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  35.11 
 
 		 212 aa  49.3  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 220 aa  49.3  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 74 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 227 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 219 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 219 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 219 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0115  transcriptional regulatory protein  34.34 
 
 		 194 aa  47.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  36.62 
 
 		 88 aa  47.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 227 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 176 aa  47.4  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 67 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 222 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 67 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 88 aa  47  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  32.97 
 
 		 198 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 281 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2770  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.169539 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 189 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 255 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 252 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  36.36 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  35 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 175 aa  45.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 184 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 76 aa  45.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 77 aa  45.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 186 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 141 aa  45.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 186 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 77 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 186 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 234 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 186 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 76 aa  44.3  0.0005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 199 aa  44.7  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 201 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  43.75 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 203 aa  44.3  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 186 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6340  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 194 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 152 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 189 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2985  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  44.3  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  33.7 
 
 		 195 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 181 aa  43.9  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  33.7 
 
 		 195 aa  43.9  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>