222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4575 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 124 aa  248  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  43.18 
 
 		 141 aa  88.6  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  43.24 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 73 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.03 
 
 		 77 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  42.19 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  39.33 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  36.96 
 
 		 106 aa  52.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  39.33 
 
 		 104 aa  52.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 112 aa  51.2  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  38.36 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  38.96 
 
 		 255 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 182 aa  48.5  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  37.31 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2004  hypothetical protein  32.31 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 390 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  36.51 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 383 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 158 aa  47.8  0.00006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2913  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 140 aa  47.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 140 aa  47  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  35.82 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0240  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000370797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  34.92 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  31.51 
 
 		 206 aa  45.8  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 513 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 149 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 252 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 374 aa  45.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4548  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  36.92 
 
 		 476 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 370 aa  44.7  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 154 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 174 aa  44.3  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 178 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 78 aa  44.3  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 145 aa  44.3  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  25.23 
 
 		 303 aa  43.9  0.0008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0386  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 129 aa  43.9  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000617682 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 248 aa  43.9  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  43.5  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  41.67 
 
 		 484 aa  43.5  0.0009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  34.33 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 171 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  38.33 
 
 		 86 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  30.68 
 
 		 370 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 118 aa  42.7  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 154 aa  43.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1053  DNA-binding protein  37.14 
 
 		 348 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 210 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 72 aa  42.7  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  36.92 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  36.92 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  40.35 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>