85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1818 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 104 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  86.54 
 
 		 107 aa  187  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  85 
 
 		 106 aa  177  4.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  45.1 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  35.64 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  33.02 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  37.62 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  40 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 124 aa  52.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 85 aa  51.6  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 256 aa  51.6  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  34.72 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 201 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 300 aa  46.6  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 158 aa  46.6  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 322 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 255 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 122 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  32.65 
 
 		 205 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  30.3 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 364 aa  44.3  0.0006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  31.65 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 129 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 184 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 240 aa  43.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2470  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.452519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 252 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  36.36 
 
 		 283 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 74 aa  42  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  28.57 
 
 		 303 aa  42.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 205 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 255 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  37.97 
 
 		 215 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  39.06 
 
 		 227 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  30.67 
 
 		 149 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 134 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  42.19 
 
 		 119 aa  42  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 193 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 193 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2538  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0200677  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 201 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 227 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 227 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 193 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  27.94 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 406 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  29.87 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9645  hypothetical protein  30.43 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.085349  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  30.67 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  30.67 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  25 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.66 
 
 		 191 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1454  transcriptional regulator, XRE family  30.19 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  30.67 
 
 		 149 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 65 aa  40.8  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 162 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 334 aa  40.8  0.007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 387 aa  40.4  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 383 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 99 aa  40.4  0.009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 68 aa  40  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 466 aa  40  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.78 
 
 		 507 aa  40  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>