80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4907 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 85 aa  170  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  45.76 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  37.33 
 
 		 113 aa  55.8  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  36.76 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  46.43 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2571  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.255582  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 104 aa  51.6  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  46.48 
 
 		 106 aa  51.2  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 129 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 75 aa  50.8  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 240 aa  49.7  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  43.66 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 154 aa  48.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 74 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0885  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 115 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 124 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2157  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.62 
 
 		 136 aa  45.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4600  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 176 aa  44.3  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9804  helix turn helix transcriptional regulator  31.34 
 
 		 160 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 76 aa  44.3  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  37.14 
 
 		 184 aa  43.9  0.0007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  36.51 
 
 		 233 aa  43.9  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 126 aa  43.9  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  34.72 
 
 		 139 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  35 
 
 		 338 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9645  hypothetical protein  31.88 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.085349  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1155  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3685  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 90 aa  42.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0686  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0453336  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 277 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9872  hypothetical protein  29.85 
 
 		 158 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  32.35 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4739  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.391466  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4874  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 133 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0264852  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3268  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 74 aa  42  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0465  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  31.65 
 
 		 194 aa  41.6  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 222 aa  41.2  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 197 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 77 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  33.87 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  41.82 
 
 		 517 aa  40.8  0.006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 252 aa  40.8  0.006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  33.87 
 
 		 201 aa  40.8  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 200 aa  40.8  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 184 aa  40.8  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 		 213 aa  40.4  0.007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 81 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1284  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 127 aa  40.8  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 113 aa  40.8  0.007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 362 aa  40.4  0.008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 252 aa  40.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  36.92 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 88 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 215 aa  40.4  0.009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2158  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 224 aa  40  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00315318  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  31.88 
 
 		 469 aa  40  0.01  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>