65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0670 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  100 
 
 
129 aa  261  3e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  47.66 
 
 
128 aa  103  9e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  37.69 
 
 
143 aa  67  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  34.68 
 
 
129 aa  61.6  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  57.8  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 
109 aa  52  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  34.72 
 
 
104 aa  51.2  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 
85 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  29.36 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 
193 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  31.94 
 
 
106 aa  48.5  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 
124 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 
141 aa  47.4  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  24.8 
 
 
194 aa  47.4  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
110 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1148  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  30.56 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
90 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 
198 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  33.96 
 
 
459 aa  44.7  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  30.88 
 
 
109 aa  44.7  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  28.75 
 
 
86 aa  44.3  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  34.43 
 
 
68 aa  44.3  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 
115 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
71 aa  44.3  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
152 aa  43.9  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
73 aa  43.9  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2505  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 
118 aa  43.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.400727 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  32.73 
 
 
74 aa  43.5  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  29.82 
 
 
105 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 
101 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  36.92 
 
 
335 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 
340 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  29.47 
 
 
115 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 
322 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
73 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  28.38 
 
 
205 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 
210 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 
188 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  37.93 
 
 
200 aa  41.2  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0149  molybdate-binding domain-containing protein  31.25 
 
 
349 aa  41.6  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0290887  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
94 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
344 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 
255 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1454  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
116 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  28.12 
 
 
368 aa  41.2  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
343 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  33.93 
 
 
222 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
224 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  23.81 
 
 
189 aa  40.4  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 
68 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  29.69 
 
 
192 aa  40.4  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 
140 aa  40.4  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  26.23 
 
 
78 aa  40.4  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  27.54 
 
 
233 aa  40  0.01  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  31.67 
 
 
303 aa  40  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  31.82 
 
 
308 aa  40  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>