46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2266 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 109 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  45.28 
 
 		 109 aa  83.2  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  40.38 
 
 		 113 aa  75.5  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  37.62 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  39.6 
 
 		 105 aa  63.9  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  36 
 
 		 106 aa  58.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  33.66 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1115  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000265311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 133 aa  47  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  24.75 
 
 		 163 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 135 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  29 
 
 		 143 aa  43.9  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  34.51 
 
 		 142 aa  43.9  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  34.51 
 
 		 126 aa  43.5  0.0009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 370 aa  42.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  25.32 
 
 		 134 aa  42  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 142 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  22.77 
 
 		 106 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  30.99 
 
 		 134 aa  42  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  26.74 
 
 		 211 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  36.92 
 
 		 359 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  35.48 
 
 		 383 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 64 aa  40.8  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  32.84 
 
 		 143 aa  40.4  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 334 aa  40.4  0.008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 205 aa  40.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 121 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 199 aa  40.4  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  28.57 
 
 		 327 aa  40  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 71 aa  40  0.01  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1454  transcriptional regulator, XRE family  31.37 
 
 		 116 aa  40  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 125 aa  40  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>