66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1142 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 141 aa  281  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  43.18 
 
 		 124 aa  88.6  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  36.67 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  32.71 
 
 		 128 aa  52.8  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  37.93 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  52.4  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  39.68 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  37.93 
 
 		 106 aa  51.2  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4548  helix-turn-helix domain-containing protein  38.2 
 
 		 181 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  47.46 
 
 		 129 aa  47.4  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  40.32 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  40.91 
 
 		 113 aa  47  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 252 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  43.64 
 
 		 143 aa  45.4  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  35.9 
 
 		 109 aa  44.7  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 78 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 81 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 81 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0845  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 		 188 aa  43.9  0.0008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000284644  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  40.91 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  38.98 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  32.2 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  42.59 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  0.000000239728 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 108 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  32.2 
 
 		 87 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2321  putative phage repressor  38.18 
 
 		 243 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2601  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 127 aa  42  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0680466  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4238  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 154 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0673449  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  32.04 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  35.29 
 
 		 507 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6378  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 165 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.21 
 
 		 182 aa  41.2  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 154 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 155 aa  40.8  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 120 aa  40.8  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  40.98 
 
 		 69 aa  40.4  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  31.58 
 
 		 233 aa  40.8  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 390 aa  40.4  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2869  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 285 aa  40.8  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 112 aa  40.4  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 165 aa  40.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 255 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  40.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2470  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 113 aa  40  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.452519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  38.6 
 
 		 68 aa  40  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>