51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1997 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 107 aa  216  7e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  96 
 
 		 106 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  86.54 
 
 		 104 aa  187  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  45 
 
 		 105 aa  68.2  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 109 aa  67.8  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  36.27 
 
 		 113 aa  62.8  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  33.66 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 128 aa  54.7  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 124 aa  53.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  43.66 
 
 		 85 aa  49.7  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 240 aa  48.1  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 201 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  31.25 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 158 aa  45.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 256 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 234 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 135 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  29.11 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 142 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  26 
 
 		 255 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  29.85 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  36.59 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  30.61 
 
 		 205 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 322 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 222 aa  41.6  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 129 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 201 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 374 aa  41.2  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 364 aa  40.8  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3563  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 189 aa  40.8  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 193 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 193 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 193 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  40.4  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  32.86 
 
 		 184 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 252 aa  40  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>