111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1571 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 109 aa  213  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  63.3 
 
 		 113 aa  143  9e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  45.28 
 
 		 109 aa  83.2  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3121  helix-turn-helix domain protein  46 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0914  helix-turn-helix domain protein  34.29 
 
 		 106 aa  70.5  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0680459  hitchhiker  0.00000175026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  35.64 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1997  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285438  hitchhiker  0.000964376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  36.76 
 
 		 85 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  32.5 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1142  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.343255  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0670  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000580347  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 334 aa  52  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 233 aa  50.1  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 240 aa  47.8  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  38.46 
 
 		 143 aa  47.4  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  32.65 
 
 		 328 aa  47.4  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 222 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 113 aa  47  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 144 aa  46.2  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  31.87 
 
 		 213 aa  46.2  0.0001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 361 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 322 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2505  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 118 aa  46.2  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.400727 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 364 aa  45.8  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  39.34 
 
 		 383 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02797  helix-turn-helix, putative  41.67 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 64 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  30.16 
 
 		 139 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1190  transcriptional regulator, XRE family  32.04 
 
 		 126 aa  45.1  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.815543  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 134 aa  44.3  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 222 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  39.29 
 
 		 244 aa  43.9  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  29 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 		 137 aa  44.3  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  26.47 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 224 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 215 aa  43.5  0.0009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  44.23 
 
 		 264 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.81 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 252 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1565  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  31.75 
 
 		 348 aa  43.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 201 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 205 aa  42.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1454  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  32.97 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 352 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  32.97 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 374 aa  42.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 343 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 327 aa  42.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  32.76 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  29.73 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 108 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 193 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 193 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 193 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  40 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3106  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 121 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 210 aa  41.6  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  30.16 
 
 		 68 aa  41.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 194 aa  41.6  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 198 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3354  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 179 aa  42  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.604997  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 135 aa  41.6  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 77 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 205 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 340 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 200 aa  40.8  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1806  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2148  DNA-binding protein, putative  36.51 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  30.99 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 335 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 183 aa  40.8  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 344 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 207 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2601  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 127 aa  40.4  0.007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0680466  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1144  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>