38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2922 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 114 aa  230  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  85.96 
 
 		 114 aa  192  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  33.02 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 115 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 132 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  41.67 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.73 
 
 		 120 aa  50.1  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  35.29 
 
 		 293 aa  49.7  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.27 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  27.27 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  45.9 
 
 		 289 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.88 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  40.32 
 
 		 197 aa  44.3  0.0006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  35.21 
 
 		 139 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 190 aa  44.3  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 235 aa  43.9  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  27.4 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 141 aa  43.5  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  27.85 
 
 		 137 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.89 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0442  hypothetical protein  32.05 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00012012  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  27.96 
 
 		 114 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 504 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 134 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  35.48 
 
 		 459 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 140 aa  41.2  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 85 aa  40.8  0.006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 213 aa  40.8  0.006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 185 aa  40.8  0.007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2559  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 176 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 222 aa  40.8  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  25 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 362 aa  40.4  0.008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 191 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>