126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2143 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 82 aa  164  5e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  40.58 
 
 		 82 aa  53.5  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 69 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 69 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 69 aa  51.2  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 83 aa  51.2  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.46 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  41.27 
 
 		 352 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  38.46 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  35.44 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  35.44 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 118 aa  47  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3817  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00145193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2818  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 173 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  42.31 
 
 		 114 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  51.16 
 
 		 180 aa  45.4  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4478  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 74 aa  45.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 68 aa  45.4  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1425  transciptional regulator  50.94 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.132768  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 170 aa  45.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 114 aa  45.4  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 130 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 79 aa  45.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 74 aa  45.1  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 250 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  44.23 
 
 		 145 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 248 aa  44.3  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3281  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 173 aa  44.7  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.871806 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 200 aa  44.3  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 89 aa  44.7  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  32.86 
 
 		 233 aa  44.3  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 259 aa  43.9  0.0007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 222 aa  43.9  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 75 aa  43.9  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 100 aa  43.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0455  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.846585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 242 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  32.79 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1519  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0937641 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  32.79 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 374 aa  42.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 328 aa  42.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  34.78 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 82 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 205 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1655  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 81 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 140 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 76 aa  42  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 222 aa  42  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 138 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 112 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  34.38 
 
 		 233 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 149 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  38.18 
 
 		 359 aa  41.6  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 374 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2870  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 83 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  32.79 
 
 		 149 aa  41.2  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 63 aa  41.2  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 73 aa  41.2  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1722  helix-turn-helix domain-containing protein  51.28 
 
 		 204 aa  41.6  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  34.38 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 198 aa  41.6  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  43.4 
 
 		 229 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  43.4 
 
 		 229 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  34.38 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  32.79 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  31.43 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 374 aa  41.2  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  32.79 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  35.19 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2164  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.27184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  38.46 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 374 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 374 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 140 aa  40.8  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 152 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>