93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4440 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4440  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 77 aa  160  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 		 141 aa  51.2  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 174 aa  50.8  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 170 aa  50.4  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 245 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  42.11 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0415  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 124 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 255 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 140 aa  47  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1900  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.43236e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 176 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 212 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 180 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  42.86 
 
 		 182 aa  43.9  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 199 aa  43.5  0.0009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 223 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 229 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 277 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0019  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0401744  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  34.38 
 
 		 107 aa  42  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0240  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000370797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 175 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 186 aa  42.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 187 aa  41.6  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 187 aa  42  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 182 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 489 aa  41.6  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 207 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0734  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 178 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0646  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 101 aa  42  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000320197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  32.35 
 
 		 255 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  42  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 263 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0584  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 101 aa  42  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000768501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  42  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 233 aa  41.2  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0791  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 213 aa  41.2  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.49267e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 252 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  36.21 
 
 		 180 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 165 aa  41.6  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0162  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 325 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  32.05 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.66 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 176 aa  41.2  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 201 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  32.79 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 186 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 204 aa  40.8  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 190 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 263 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  39.29 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 62 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  37.29 
 
 		 155 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 165 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 134 aa  40.4  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 227 aa  40.4  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 145 aa  40.4  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 115 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  32.14 
 
 		 156 aa  40.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 171 aa  40.4  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 83 aa  40.4  0.009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 252 aa  40  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>