More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_02480 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 156 aa  313  6e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  79.09 
 
 		 128 aa  170  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  78.1 
 
 		 145 aa  161  3e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  66.93 
 
 		 325 aa  155  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  64.1 
 
 		 141 aa  153  7e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  69.81 
 
 		 277 aa  150  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  70.48 
 
 		 233 aa  148  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 161 aa  148  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  68.87 
 
 		 175 aa  146  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  55.64 
 
 		 170 aa  143  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 176 aa  142  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  55.74 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  64.22 
 
 		 128 aa  140  4e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 182 aa  141  4e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  58.4 
 
 		 145 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  64.15 
 
 		 128 aa  131  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 191 aa  130  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 191 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  61.26 
 
 		 165 aa  125  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 183 aa  123  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  54.46 
 
 		 162 aa  119  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  44.55 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  43.36 
 
 		 117 aa  85.9  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  38.03 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 218 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  43.28 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  43.28 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 191 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 133 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 191 aa  50.8  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 371 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 187 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 276 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  48.9  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 236 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 99 aa  49.7  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 190 aa  48.9  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 205 aa  48.9  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 260 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  30.97 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  37.97 
 
 		 190 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 197 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  38.24 
 
 		 236 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 191 aa  48.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 191 aa  48.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 191 aa  48.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 191 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 201 aa  47.8  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3886  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 210 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 223 aa  47.8  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  32.71 
 
 		 202 aa  47.4  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 196 aa  47.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 186 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 152 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 186 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 186 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 191 aa  47.4  0.00008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 186 aa  47.4  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 71 aa  47.4  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1142  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 111 aa  47.4  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000709447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1953  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 199 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 187 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 110 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 109 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  34.85 
 
 		 186 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 189 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 116 aa  47  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 228 aa  46.6  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  31.52 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  39.51 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 193 aa  46.2  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  32.98 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 250 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>