287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0840 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 162 aa  317  5e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  66.98 
 
 		 277 aa  140  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 145 aa  134  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  60.71 
 
 		 170 aa  134  5e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  54.41 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  62.04 
 
 		 145 aa  132  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 325 aa  130  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  55.75 
 
 		 141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 176 aa  125  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 128 aa  124  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  61.82 
 
 		 233 aa  124  7e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  53.27 
 
 		 140 aa  123  9e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  51.61 
 
 		 156 aa  123  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  58.33 
 
 		 128 aa  120  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 182 aa  120  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  48.25 
 
 		 183 aa  118  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  47.4 
 
 		 165 aa  117  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  55.77 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 191 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 191 aa  106  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 156 aa  87  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  42.99 
 
 		 117 aa  76.3  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  46.27 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  44.78 
 
 		 133 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  38.16 
 
 		 132 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 228 aa  53.1  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  40 
 
 		 108 aa  51.6  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 119 aa  51.6  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 260 aa  50.8  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 196 aa  50.4  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 252 aa  50.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  36.04 
 
 		 202 aa  50.4  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 245 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  43.33 
 
 		 195 aa  49.3  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.7 
 
 		 256 aa  49.3  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  47.54 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 192 aa  48.9  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 192 aa  48.9  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 193 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 105 aa  48.5  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 101 aa  48.5  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 77 aa  48.5  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 190 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1142  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 111 aa  48.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000709447  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 179 aa  48.1  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 190 aa  47.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 99 aa  47.8  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 107 aa  47.8  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 154 aa  47.4  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  45.9 
 
 		 107 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 206 aa  47.4  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 76 aa  47.4  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 76 aa  47.4  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 192 aa  47.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 203 aa  47.4  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 192 aa  47.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 187 aa  47.4  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 192 aa  47.4  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17240  predicted transcriptional regulator  38.89 
 
 		 242 aa  47  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.928492 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  45 
 
 		 236 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 193 aa  47  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  45 
 
 		 236 aa  47  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 76 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 91 aa  47  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 109 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  38.71 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  45 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 150 aa  46.6  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  45 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.53 
 
 		 203 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  40.32 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  45 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  45 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 150 aa  46.6  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>