178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1399 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 150 aa  293  8e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  91.33 
 
 		 150 aa  266  7e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  80.77 
 
 		 103 aa  124  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  59.65 
 
 		 120 aa  110  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  63.11 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  73.75 
 
 		 99 aa  108  3e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  69.77 
 
 		 109 aa  108  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  68.6 
 
 		 104 aa  107  6e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  60.58 
 
 		 127 aa  106  9.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  73.08 
 
 		 119 aa  105  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  68.6 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 116 aa  103  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  68.6 
 
 		 119 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  66.27 
 
 		 179 aa  101  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  65 
 
 		 101 aa  99.8  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  67.95 
 
 		 89 aa  98.6  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  67.61 
 
 		 245 aa  98.6  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  73.08 
 
 		 118 aa  95.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  68.6 
 
 		 101 aa  95.1  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  54 
 
 		 108 aa  94  7e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  64.38 
 
 		 135 aa  92  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  58.43 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  63.29 
 
 		 138 aa  88.6  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 228 aa  87.8  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  68.57 
 
 		 250 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  61.64 
 
 		 116 aa  87.4  6e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 110 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 104 aa  87.4  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 191 aa  87.4  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  56.47 
 
 		 91 aa  86.7  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  50.49 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 260 aa  85.9  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  58.97 
 
 		 112 aa  84.7  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 104 aa  83.6  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  67.09 
 
 		 153 aa  80.5  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  51.72 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  57.35 
 
 		 115 aa  73.6  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  63.08 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 169 aa  70.1  0.000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  53.62 
 
 		 104 aa  66.6  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 99 aa  62  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  50 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  45.33 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  43.59 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  59.52 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 277 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 156 aa  48.1  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 192 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  31.2 
 
 		 170 aa  48.1  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 197 aa  47.4  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  47  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 184 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 325 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  43.33 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  44.26 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 255 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 236 aa  45.4  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 190 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  33.87 
 
 		 195 aa  46.2  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 140 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 225 aa  45.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 236 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 188 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.71 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 188 aa  45.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 165 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 191 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 255 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5593  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 118 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 505 aa  44.3  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 193 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 189 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 190 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 		 194 aa  44.3  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>