97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1487 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 179 aa  339  1e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  78.75 
 
 		 109 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  80 
 
 		 114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  78.75 
 
 		 120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  77.5 
 
 		 116 aa  115  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  77.5 
 
 		 119 aa  114  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  77.5 
 
 		 104 aa  114  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  76.25 
 
 		 99 aa  111  7.000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  72.5 
 
 		 101 aa  108  5e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  63.37 
 
 		 119 aa  104  5e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  69.62 
 
 		 89 aa  104  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  64.29 
 
 		 108 aa  103  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  74.36 
 
 		 119 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 122 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 104 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 104 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 104 aa  102  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  66.27 
 
 		 150 aa  101  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  74.67 
 
 		 127 aa  102  4e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  68.75 
 
 		 101 aa  101  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  65.06 
 
 		 150 aa  101  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  70.13 
 
 		 104 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  74.65 
 
 		 106 aa  98.2  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  70.13 
 
 		 110 aa  97.1  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  55.96 
 
 		 112 aa  96.7  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  71.83 
 
 		 103 aa  96.3  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  74.24 
 
 		 138 aa  93.6  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  68.82 
 
 		 153 aa  93.2  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  73.08 
 
 		 118 aa  93.2  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  52.34 
 
 		 134 aa  92.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  66.2 
 
 		 135 aa  91.3  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  66.67 
 
 		 158 aa  90.1  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  64.79 
 
 		 245 aa  89  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  51.52 
 
 		 91 aa  87.8  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  69.7 
 
 		 116 aa  87.8  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  61.54 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  61.43 
 
 		 115 aa  78.6  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  56.34 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  46.75 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  50.68 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 101 aa  57.4  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  39.6 
 
 		 154 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 277 aa  51.2  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  51.85 
 
 		 142 aa  50.8  0.000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 225 aa  49.3  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 325 aa  49.3  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 183 aa  48.5  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 170 aa  47.8  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 162 aa  47.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 116 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 118 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 286 aa  47.4  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 197 aa  46.6  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 269 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 192 aa  46.6  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 233 aa  46.6  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  48.15 
 
 		 118 aa  46.6  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 145 aa  45.4  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 271 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 128 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 188 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 175 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  35.19 
 
 		 165 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 255 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 218 aa  43.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 255 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 281 aa  43.9  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 232 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  38.46 
 
 		 215 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 107 aa  42.7  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  33.87 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  33.87 
 
 		 187 aa  42.4  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  58.97 
 
 		 140 aa  42.4  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 232 aa  42  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 259 aa  41.6  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 283 aa  41.6  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 259 aa  41.6  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 259 aa  41.6  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  37.93 
 
 		 156 aa  41.2  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 182 aa  41.6  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 115 aa  41.2  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 204 aa  41.2  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 161 aa  41.2  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 161 aa  41.2  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 161 aa  41.2  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 176 aa  40.8  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>